R：将 p 值舍入到 xtable 中的两位有效数字，并将 ReporteRs 导出到 Latex/Office/LibreOffice

Posted 2023-02-24

【中文标题】R：将 p 值舍入到 xtable 中的两位有效数字，并将 ReporteRs 导出到 Latex/Office/LibreOffice

【英文标题】：R : round p values to two significant digits in xtable and ReporteRs export to Latex/Office/LibreOffice

【发布时间】：2015-07-07 22:11:17

【问题描述】：

我正在使用xtable、rtable 和ReporteRs 的组合将各种对象（aov、glm's、lm's 等）的汇总表导出到 Latex/Word/微软幻灯片软件。但是，我不太喜欢默认方式，其中 p 值在逗号后以固定位数给出。相反，我希望它以与基本 R 函数 format.pval() 和 digits=2 类似的格式为我提供 p 值，即，将 p 值四舍五入为两位有效数字 - 在本例中为 4.2e-17 和 0.25 )。

例如

ctl = c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt = c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group = gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight = c(ctl, trt)
fit = lm(weight ~ group)
s=summary(fit)
s

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)   4.8465     0.1557  31.124   <2e-16 ***
group1        0.1855     0.1557   1.191    0.249    

library(xtable)
library(rtable)
library(ReporteRs)
tab=as.FlexTable(xtable(s))
tab

我希望以与summary(fit) 类似的方式格式化 p 值，但是（右对齐，四舍五入到两位有效数字，在本例中为 4.2e-17 和 0.25）。 任何人都知道如何以通用方式实现这一点，理想情况下对于xtable 支持的所有对象给出的 p 值？

编辑：在下面的帮助下，我现在制作了一个 [small package export]，带有辅助函数 table2doc、table2ppt 和 table2html，以将先前显示的 R stats 对象导出到 Word、Powerpoint 或 HTML（以及函数 @987654340 @ 和 graph2doc 将当前活动的图表导出到 Powerpoint 或 Word），请参阅 https://cran.r-project.org/web/packages/export/index.html 和 https://github.com/tomwenseleers/export

【问题讨论】：

xtable(s, digits = c(4,4,4,2,2), display = c('f','f','f','f','g'))怎么样

谢谢 - 这在某种程度上解决了问题，尽管下一个问题是为 xtable 可以处理的所有对象重新定义这些默认参数（并非所有对象都有 p 值列，并且它们具有不同的 nrs 列）。最优雅的方法是什么？

（这将是我正在编写 table2doc 和 table2ppt 将 R 对象导出到 word 或 powerpoint 中的表的两个函数的一部分，因此它充分处理所有可能的 xtable 输入对象很重要）跨度>

你可以编写小函数，根据 fit 对象的列名返回显示类型和数字，本质上是一个查找表。比如get_display <- function(x) key <- setNames(c('f','f','f','g'), c('Estimate','Std. Error','t value','Pr')); key[sapply(x, function(xx) grep(xx, names(key)))] get_display(colnames(s$coefficients))，我会像get_display(colnames(s$coefficients))一样使用它，这给了我上面的f，f，f，g。您可以使用类似的方法来设置数字

【参考方案1】：

定义一个辅助函数来查找 p 值的签名，我将其视为其中包含“Pr”的那些列名：

xtable2 <- function(x, ...)   sm <- x[['coefficients']]; ncol <- ncol(sm)
                             whch<- grep("Pr", colnames(sm))
                             digs <- rep(4, ncol+1); digs[whch+1] <- 2
                             disp <-rep("f", ncol+1); disp[whch+1] <- "g"
                  xtable(x, digits= digs, display=disp, ...) 

> tab <- as.FlexTable(xtable2(s)); tab

【讨论】：

太棒了——这正是我想要的——感谢数百万！

完美适用于 lm 示例，但对于 aov 我得到 fit = aov(weight ~ group); s=summary(fit); as.FlexTable(xtable2(s)) Error in rep(4, ncol + 1) : invalid 'times' argument - x[['coefficients']] 不起作用 - 有什么想法可以解决这个问题吗？

哈，asdf=function(x) if(length(x) == 1) as.data.frame(x[[1]]) else lapply(unlist(x, FALSE), as.data.frame) ; sm = asdf(s) 有效

Ha 甚至更好 sm=xtable(x)也可以工作并且更通用，适用于任何受支持的 x 类！

aov 的问题在于它返回了一个需要单独处理的对象列表，看起来你已经整理好了。 lm 和 glm 返回一个带有 coefficient 叶子的列表。