使用现有 R 应用程序/包可视化协作网络结构

Posted 2023-02-24

【中文标题】使用现有 R 应用程序/包可视化协作网络结构

【英文标题】：Visualizing collaboration network structure with existing R applications/packages

【发布时间】：2017-07-03 08:54:41

【问题描述】：

我正在尝试可视化“合资企业”的关系数据结构（即，公司与其他公司在产品上合作）。例如，公司 i 可能参与了与公司 j 的合资企业 A，但公司 i 也参与了与公司 j 和公司 k 的合资企业 B 等，所以公司 i、j、k 都共享某种形式的 co-成员关系 (i, j, i, j, k)，但公司 i, j 之间的协作强度比公司 i, k 强，因为公司 i 和 j 以更多的联合冒险。

我想在那些标志性的网络图中可视化这一点，但强调不同对（公司）之间的关系强度。我想到的一个相关例子是 Mark Newman 在PNAS（Newman 2004）中的共同作者研究，在图 6 中，每对节点（即作者）由不同厚度的边连接，代表共同的强度-每对作者之间的署名强度（即两人合作作品的数量），如下图所示：

我已经查看了许多与 R 的 igraph 和 bipartite 包有关的以前的帖子（例如 this one），但不认为 bipartite 网络及其应用程序符合我的目的。

我想知道 (1) 是否有任何现有的 R 包/应用程序可以帮助可视化网络中每个节点之间的连接强度，以及 (2) 此类数据的结构应该如何看待像？ （使用“公司”、“项目”作为列或行？）

谢谢。

【问题讨论】：

你可以使用 visNetwork 包来创建这样的图

我听从了你和@KoenV 的建议，效果很好。谢谢！

【参考方案1】：

正如@R.B 所说，您可以使用visNetwork 库。带有发明数据的代码可能如下所示：

library(igraph)
library(visNetwork)

set.seed(98765)   # for reproducibility
### generate some data, 
### nodes are entitities: letters represent contributors
nodes <- data.frame(id = 1:11, 
                    label = LETTERS[1:11],  # name of node
                    title = LETTERS[1:11])  # optional tooltip
### edges represent relations 
edges <- data.frame(
  from = sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  to =  sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  arrows = "",
  width = c(rep(1, 20), rep(4, 20), rep(6,6), rep(10, 3), 15)  ## weights
)


visNetwork(nodes, edges, width = "100%") %>%
  visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle") %>%
  visNodes(size = 25) %>%
  visOptions(highlightNearest = list(enabled = F, hover = T) )

这会生成以下图（在 html 中交互）

请告诉我这是否是你想要的。

【讨论】：

非常感谢您花时间说明这一点！我应该能够发布 visNetwork 代码，添加一些装饰（例如，用节点名称标记节点）等。但是，visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle") %>% 命令行似乎不起作用我的 Rstudio，R 返回错误消息“找不到 'layout_in_circle' 函数。请验证它。”我也尝试使用默认的“layout_nicely”，它仍然不起作用。我对 visNetwork 很陌生，这是编程错误吗？

安装并加载igraph包后重试，然后请告诉我它是否有效。

再次感谢！我删除了旧版本并重新安装了 igraph，现在它可以工作了。非常感谢。

我的荣幸！我将通过加载igraph

来更新代码