从 Pandas 中的公式动态评估表达式
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【中文标题】从 Pandas 中的公式动态评估表达式【英文标题】:Dynamically evaluate an expression from a formula in Pandas 【发布时间】:2019-05-15 17:45:36 【问题描述】:我想使用pd.eval
对一个或多个数据帧列执行算术运算。具体来说,我想移植以下评估公式的代码:
x = 5
df2['D'] = df1['A'] + (df1['B'] * x)
...使用pd.eval
编码。使用pd.eval
的原因是我想自动化许多工作流,所以动态创建它们对我很有用。
我的两个输入数据帧是:
import pandas as pd
import numpy as np
np.random.seed(0)
df1 = pd.DataFrame(np.random.choice(10, (5, 4)), columns=list('ABCD'))
df2 = pd.DataFrame(np.random.choice(10, (5, 4)), columns=list('ABCD'))
df1
A B C D
0 5 0 3 3
1 7 9 3 5
2 2 4 7 6
3 8 8 1 6
4 7 7 8 1
df2
A B C D
0 5 9 8 9
1 4 3 0 3
2 5 0 2 3
3 8 1 3 3
4 3 7 0 1
我试图更好地理解pd.eval
的engine
和parser
参数以确定如何最好地解决我的问题。我已经通过the documentation,但我并不清楚区别。
-
应使用哪些参数来确保我的代码以最高性能运行?
有没有办法将表达式的结果分配回
df2
?
另外,为了让事情变得更复杂,如何在字符串表达式中将x
作为参数传递?
【问题讨论】:
我对问题和答案都投了赞成票,因为我认为这是有用的原始材料。但是,作为可搜索的官方文档(您可以通过拉取请求更新)的一部分,它会更多有用。 你能给pandas.MultiIndex
写一份吗?
@tel 抱歉,由于一些问题,我不得不删除并重新发布。 MultiIndex 过滤规范的最终版本是here。 :-)
【参考方案1】:
您可以使用 1) pd.eval()
、2) df.query()
或 3) df.eval()
。下面讨论它们的各种特性和功能。
示例将涉及这些数据帧(除非另有说明)。
np.random.seed(0)
df1 = pd.DataFrame(np.random.choice(10, (5, 4)), columns=list('ABCD'))
df2 = pd.DataFrame(np.random.choice(10, (5, 4)), columns=list('ABCD'))
df3 = pd.DataFrame(np.random.choice(10, (5, 4)), columns=list('ABCD'))
df4 = pd.DataFrame(np.random.choice(10, (5, 4)), columns=list('ABCD'))
1) pandas.eval
这是 pandas doc 应包含的“缺失手册”。 注意: 在所讨论的三个函数中,
pd.eval
是最重要的。df.eval
和df.query
致电pd.eval
在引擎盖下。行为和使用或多或少 三个函数一致,有一些小的语义 稍后将突出显示的变化。本节将 引入所有三个函数共有的功能 - 这包括(但不限于)允许的语法、优先规则和关键字参数。
pd.eval
可以计算可以由变量和/或文字组成的算术表达式。这些表达式必须作为字符串传递。因此,要回答问题,如上所述,您可以这样做
x = 5
pd.eval("df1.A + (df1.B * x)")
这里有几点需要注意:
-
整个表达式是一个字符串
df1
、df2
和 x
引用全局命名空间中的变量,这些变量在解析表达式时被 eval
拾取
使用属性访问器索引访问特定列。您也可以使用"df1['A'] + (df1['B'] * x)"
达到同样的效果。
我将在下面解释target=...
属性的部分中解决重新分配的具体问题。但是现在,这里有更简单的pd.eval
有效操作示例:
pd.eval("df1.A + df2.A") # Valid, returns a pd.Series object
pd.eval("abs(df1) ** .5") # Valid, returns a pd.DataFrame object
...等等。条件表达式也以相同的方式支持。以下语句都是有效的表达式,将由引擎进行评估。
pd.eval("df1 > df2")
pd.eval("df1 > 5")
pd.eval("df1 < df2 and df3 < df4")
pd.eval("df1 in [1, 2, 3]")
pd.eval("1 < 2 < 3")
可以在the documentation 中找到详细说明所有支持的功能和语法的列表。总之,
算术运算,除了左移 (<<
) 和右移 (>>
) 运算符,例如df + 2 * pi / s ** 4 % 42
- the_golden_ratio 比较操作,包括链式比较,例如2 < df < df2
布尔运算,例如,df < df2 and df3 < df4
或not df_bool
list
和tuple
文字,例如[1, 2]
或(1, 2)
属性访问,例如,df.a
下标表达式,例如,df[0]
简单的变量评估,例如,pd.eval('df')
(这不是很有用) 数学函数:sin、cos、exp、log、expm1、log1p、sqrt、sinh、cosh、tanh、arcsin、arccos、arctan、arccosh、arcsinh、arctanh、abs 和 arctan2.
文档的这一部分还指定了不受支持的语法规则,包括 set
/dict
文字、if-else 语句、循环和推导以及生成器表达式。
从列表中,很明显你也可以传递涉及索引的表达式,比如
pd.eval('df1.A * (df1.index > 1)')
1a) 解析器选择:parser=...
参数
pd.eval
在解析表达式字符串以生成语法树时支持两种不同的解析器选项:pandas
和 python
。两者之间的主要区别在于略有不同的优先规则。
使用默认解析器pandas
,重载的按位运算符&
和|
对pandas 对象实现矢量化AND 和OR 运算将具有与and
和or
相同的运算符优先级。所以,
pd.eval("(df1 > df2) & (df3 < df4)")
将与
相同pd.eval("df1 > df2 & df3 < df4")
# pd.eval("df1 > df2 & df3 < df4", parser='pandas')
也一样
pd.eval("df1 > df2 and df3 < df4")
这里,括号是必需的。按照惯例,要做到这一点,需要括号来覆盖位运算符的更高优先级:
(df1 > df2) & (df3 < df4)
没有它,我们最终会得到
df1 > df2 & df3 < df4
ValueError: The truth value of a DataFrame is ambiguous. Use a.empty, a.bool(), a.item(), a.any() or a.all().
如果您想在评估字符串时与 python 的实际运算符优先级规则保持一致,请使用 parser='python'
。
pd.eval("(df1 > df2) & (df3 < df4)", parser='python')
这两种解析器的另一个区别是==
和!=
运算符的语义具有列表和元组节点,当使用@ 时,它们的语义分别与in
和not in
相似。 987654388@解析器。例如,
pd.eval("df1 == [1, 2, 3]")
有效,并以与
相同的语义运行pd.eval("df1 in [1, 2, 3]")
OTOH,pd.eval("df1 == [1, 2, 3]", parser='python')
将引发 NotImplementedError
错误。
1b) 后端选择:engine=...
参数
有两个选项 - numexpr
(默认)和python
。 numexpr
选项使用针对性能进行了优化的 numexpr 后端。
使用 Python 后端,您的表达式的评估类似于将表达式传递给 Python 的 eval
函数。您可以灵活地执行更多内部表达式,例如字符串操作。
df = pd.DataFrame('A': ['abc', 'def', 'abacus'])
pd.eval('df.A.str.contains("ab")', engine='python')
0 True
1 False
2 True
Name: A, dtype: bool
不幸的是,与numexpr
引擎相比,此方法没有性能优势,并且很少有安全措施可以确保不评估危险的表达式,因此在风险自负!一般不建议将此选项更改为'python'
,除非您知道自己在做什么。
1c) local_dict
和 global_dict
参数
有时,为表达式中使用但当前未在命名空间中定义的变量提供值很有用。您可以将字典传递给local_dict
例如:
pd.eval("df1 > thresh")
UndefinedVariableError: name 'thresh' is not defined
这失败了,因为thresh
没有定义。但是,这是可行的:
pd.eval("df1 > thresh", local_dict='thresh': 10)
当您要从字典中提供变量时,这很有用。或者,使用 Python 引擎,您可以简单地这样做:
mydict = 'thresh': 5
# Dictionary values with *string* keys cannot be accessed without
# using the 'python' engine.
pd.eval('df1 > mydict["thresh"]', engine='python')
但这可能会比使用'numexpr'
引擎并将字典传递给local_dict
或global_dict
慢很多。希望这应该为使用这些参数提供一个令人信服的论据。
1d) target
(+ inplace
) 参数和赋值表达式
这通常不是必需的,因为通常有更简单的方法来执行此操作,但是您可以将pd.eval
的结果分配给实现__getitem__
的对象,例如dict
s,并且(您猜对了)数据帧。
考虑问题中的示例
x = 5 df2['D'] = df1['A'] + (df1['B'] * x)
要将列“D”分配给df2
,我们这样做
pd.eval('D = df1.A + (df1.B * x)', target=df2)
A B C D
0 5 9 8 5
1 4 3 0 52
2 5 0 2 22
3 8 1 3 48
4 3 7 0 42
这不是对df2
的就地修改(但可以……继续阅读)。考虑另一个例子:
pd.eval('df1.A + df2.A')
0 10
1 11
2 7
3 16
4 10
dtype: int32
如果您想(例如)将其分配回 DataFrame,您可以使用 target
参数,如下所示:
df = pd.DataFrame(columns=list('FBGH'), index=df1.index)
df
F B G H
0 NaN NaN NaN NaN
1 NaN NaN NaN NaN
2 NaN NaN NaN NaN
3 NaN NaN NaN NaN
4 NaN NaN NaN NaN
df = pd.eval('B = df1.A + df2.A', target=df)
# Similar to
# df = df.assign(B=pd.eval('df1.A + df2.A'))
df
F B G H
0 NaN 10 NaN NaN
1 NaN 11 NaN NaN
2 NaN 7 NaN NaN
3 NaN 16 NaN NaN
4 NaN 10 NaN NaN
如果您想对df
执行就地突变,请设置inplace=True
。
pd.eval('B = df1.A + df2.A', target=df, inplace=True)
# Similar to
# df['B'] = pd.eval('df1.A + df2.A')
df
F B G H
0 NaN 10 NaN NaN
1 NaN 11 NaN NaN
2 NaN 7 NaN NaN
3 NaN 16 NaN NaN
4 NaN 10 NaN NaN
如果 inplace
没有设置目标,则会引发 ValueError
。
虽然target
参数很有趣,但您很少需要使用它。
如果您想使用df.eval
执行此操作,您可以使用涉及赋值的表达式:
df = df.eval("B = @df1.A + @df2.A")
# df.eval("B = @df1.A + @df2.A", inplace=True)
df
F B G H
0 NaN 10 NaN NaN
1 NaN 11 NaN NaN
2 NaN 7 NaN NaN
3 NaN 16 NaN NaN
4 NaN 10 NaN NaN
注意
pd.eval
的一个意外用途是以与ast.literal_eval
非常相似的方式解析文字字符串:
pd.eval("[1, 2, 3]")
array([1, 2, 3], dtype=object)
它还可以使用'python'
引擎解析嵌套列表:
pd.eval("[[1, 2, 3], [4, 5], [10]]", engine='python')
[[1, 2, 3], [4, 5], [10]]
还有字符串列表:
pd.eval(["[1, 2, 3]", "[4, 5]", "[10]"], engine='python')
[[1, 2, 3], [4, 5], [10]]
然而,问题在于长度大于 100 的列表:
pd.eval(["[1]"] * 100, engine='python') # Works
pd.eval(["[1]"] * 101, engine='python')
AttributeError: 'PandasExprVisitor' object has no attribute 'visit_Ellipsis'
更多信息可以在here找到这个错误、原因、修复和解决方法。
2)DataFrame.eval
:
如上所述,df.eval
在后台调用pd.eval
,并带有一些参数。 v0.23 source code 显示了这一点:
def eval(self, expr, inplace=False, **kwargs):
from pandas.core.computation.eval import eval as _eval
inplace = validate_bool_kwarg(inplace, 'inplace')
resolvers = kwargs.pop('resolvers', None)
kwargs['level'] = kwargs.pop('level', 0) + 1
if resolvers is None:
index_resolvers = self._get_index_resolvers()
resolvers = dict(self.iteritems()), index_resolvers
if 'target' not in kwargs:
kwargs['target'] = self
kwargs['resolvers'] = kwargs.get('resolvers', ()) + tuple(resolvers)
return _eval(expr, inplace=inplace, **kwargs)
eval
创建参数,进行一些验证,然后将参数传递给 pd.eval
。
更多信息,您可以继续阅读:When to use DataFrame.eval() versus pandas.eval() or Python eval()
2a) 用法差异
2a1) DataFrame 表达式与系列表达式
对于与整个 DataFrames 关联的动态查询,您应该首选pd.eval
。例如,当您调用df1.eval
或df2.eval
时,没有简单的方法可以指定pd.eval("df1 + df2")
的等效项。
2a2) 指定列名
另一个主要区别是列的访问方式。例如,要在 df1
中添加两列“A”和“B”,您可以使用以下表达式调用 pd.eval
:
pd.eval("df1.A + df1.B")
使用 df.eval,您只需提供列名:
df1.eval("A + B")
因为在df1
的上下文中,很明显“A”和“B”指的是列名。
您还可以使用index
引用索引和列(除非索引已命名,在这种情况下您将使用该名称)。
df1.eval("A + index")
或者,更一般地说,对于任何具有 1 个或多个级别的索引的 DataFrame,您可以使用变量 "ilevel_k" 在表达式中引用索引的第 kth 级别 代表“index at level k”。 IOW,上面的表达式可以写成df1.eval("A + ilevel_0")
。
这些规则也适用于df.query
。
2a3) 访问本地/全局命名空间中的变量
在表达式中提供的变量必须以“@”符号开头,以避免与列名混淆。
A = 5
df1.eval("A > @A")
query
也是如此。
不用说,您的列名必须遵循 Python 中有效标识符命名的规则,才能在 eval
中访问。有关命名标识符的规则列表,请参阅 here。
2a4) 多行查询和赋值
一个鲜为人知的事实是eval
支持处理赋值的多行表达式(而query
不支持)。例如,要基于对某些列的一些算术运算在 df1 中创建两个新列“E”和“F”,并基于先前创建的“E”和“F”创建第三列“G”,我们可以这样做
df1.eval("""
E = A + B
F = @df2.A + @df2.B
G = E >= F
""")
A B C D E F G
0 5 0 3 3 5 14 False
1 7 9 3 5 16 7 True
2 2 4 7 6 6 5 True
3 8 8 1 6 16 9 True
4 7 7 8 1 14 10 True
3) eval
与 query
将df.query
视为使用pd.eval
作为子例程的函数会有所帮助。
通常,query
(顾名思义)用于评估条件表达式(即产生真/假值的表达式)并返回与True
结果对应的行。然后将表达式的结果传递给loc
(在大多数情况下)以返回满足表达式的行。根据文档,
这个表达式的求值结果首先传递给
DataFrame.loc
如果由于多维键而失败 (例如,一个 DataFrame)然后结果将被传递给DataFrame.__getitem__()
.此方法使用***
pandas.eval()
函数来评估 通过查询。
在相似性方面,query
和 df.eval
在访问列名和变量的方式上都是相似的。
如上所述,两者之间的关键区别在于它们如何处理表达式结果。当您实际通过这两个函数运行表达式时,这一点变得很明显。例如,考虑
df1.A
0 5
1 7
2 2
3 8
4 7
Name: A, dtype: int32
df1.B
0 9
1 3
2 0
3 1
4 7
Name: B, dtype: int32
要获取df1
中“A”>=“B”的所有行,我们将像这样使用eval
:
m = df1.eval("A >= B")
m
0 True
1 False
2 False
3 True
4 True
dtype: bool
m
表示通过计算表达式“A >= B”生成的中间结果。然后我们使用掩码过滤df1
:
df1[m]
# df1.loc[m]
A B C D
0 5 0 3 3
3 8 8 1 6
4 7 7 8 1
但是,对于query
,中间结果“m”直接传递给loc
,所以对于query
,您只需要这样做
df1.query("A >= B")
A B C D
0 5 0 3 3
3 8 8 1 6
4 7 7 8 1
性能方面,一模一样。
df1_big = pd.concat([df1] * 100000, ignore_index=True)
%timeit df1_big[df1_big.eval("A >= B")]
%timeit df1_big.query("A >= B")
14.7 ms ± 33.9 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
14.7 ms ± 24.3 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
但后者更简洁,在一个步骤中表达相同的操作。
请注意,您也可以像这样使用 query
做一些奇怪的事情(例如,返回由 df1.index 索引的所有行)
df1.query("index")
# Same as df1.loc[df1.index] # Pointless,... I know
A B C D
0 5 0 3 3
1 7 9 3 5
2 2 4 7 6
3 8 8 1 6
4 7 7 8 1
但不要。
底线:根据条件表达式查询或过滤行时,请使用query
。
【讨论】:
您是否会更深入地研究性能,因为这是 OP 中提出的问题之一? @user3471881 我没有深入探讨性能,因为它取决于每个人的用例,但我已经评论了哪些后端和解析器选项最适合最大限度地提高性能。 我们已经从文档中知道numexpr
通常可以加快我们的速度,我只是期待对此进行更深入的分析,因为 OP 中的第一个问题专门提出了它并说它不能在文档中找不到答案。另一种方法是稍微改变 OP 问题以适应答案?
或者至少分析三个场景的性能:数据大小、查询复杂性和分配?顺便说一句 - 不用说我很喜欢这篇文章,并且非常感谢你在这里和整个论坛中的工作。否则我不会问这个:D
@user3471881 你的观点是正确的,我会考虑最好的行动方案。对我来说,最简单的方法是从 OP 中删除关于“性能”的问题,但为了公正地对待这篇文章,让我更深入地挖掘一下,看看我是否能更恰当地解决这些问题。感谢您的反馈,非常感谢:-)【参考方案2】:
已经有很棒的教程,但请记住,在被其更简单的语法所吸引而疯狂使用 eval/query
之前,如果您的数据集少于 15,000 行,它会出现严重的性能问题。
在这种情况下,只需使用df.loc[mask1, mask2]
。
参考:Expression Evaluation via eval()
【讨论】:
以上是关于从 Pandas 中的公式动态评估表达式的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章