即使允许使用 NA，R 函数 prcomp 也会因 NA 的值而失败

Posted 2023-02-16

【中文标题】即使允许使用 NA，R 函数 prcomp 也会因 NA 的值而失败

【英文标题】：R function prcomp fails with NA's values even though NA's are allowed

【发布时间】：2012-08-18 04:21:32

【问题描述】：

我正在使用函数prcomp 来计算前两个主成分。但是，我的数据有一些 NA 值，因此该函数会引发错误。即使在帮助文件?prcomp 中提到过，定义的 na.action 似乎也不起作用

这是我的例子：

d <- data.frame(V1 = sample(1:100, 10), V2 = sample(1:100, 10))

prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

d$V1[5] <- NA
d$V2[7] <- NA

prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

我正在使用适用于 Mac OS X 的最新 R 版本 2.15.1。

prcomp 失败时，谁能看到原因？

这是我的新示例：

d <- data.frame(V1 = sample(1:100, 10), V2 = sample(1:100, 10))

result <- prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

result$x

d$V1[5] <- NA

result <- prcomp(~V1+V2, data=d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

result$x

是否可以在 PC1 和 PC2 中保留第 5 行？在我的真实数据集中，我当然有两列以上的变量，只有其中一些缺失，我不想丢失隐藏在其他值中的剩余信息！

【参考方案1】：

是的，除非您使用formula 接口，否则na.action 看起来像是一个“功能”（错误），将被完全忽略。这是brought up before on the R Development list。

我认为这应该被记录或标记为错误。

需要明确的是，这会起作用，因为它访问公式接口：

prcomp(~V1+V2, data=d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

【讨论】：

好吧太棒了。感谢公式方法！

我同意应该记录下来（我是R开发列表上查询的作者）；如果有人愿意，最好的方法是提出对文档的更改并将其提交给 r-devel 列表（和/或 R 错误跟踪器）。

【参考方案2】：

如果您不愿意使用公式界面，另一种解决方案是

prcomp(na.omit(d), center = TRUE, scale = TRUE)

其中包括将na.omit 直接应用于数据框。

【讨论】：

也感谢您的解决方案。我刚刚意识到使用 na.omit 会导致更少的主成分。我刚刚编辑了上面的示例。