在 C++ 中读取 DICOM 并转换为 OpenCV

Posted 2023-02-22

【中文标题】在 C++ 中读取 DICOM 并转换为 OpenCV

【英文标题】：Read DICOM in C++ and convert to OpenCV

【发布时间】：2016-04-02 22:53:57

【问题描述】：

我想用 C++ 读取 DICOM 图像并使用 opencv 操作它们。

我设法使用 DCMTK 读取 dicom 图像，但是我不确定如何将其转换为 opencv Mat。

以下是我目前所拥有的：

DicomImage DCM_image("test.dcm");
cv::Mat image(int(DCM_image.getWidth()), int(DCM_image.getHeight()), CV_8U, (uchar*)DCM_image.getOutputData(8));

结果如下：

在 DICOM 查看器中，如下所示：

归一化后，变灰的图像如下：

任何帮助将不胜感激。

【参考方案1】：

我现在可以看到的主要问题是像素值范围（深度）的差异。

AFAIK，DICOM 可以有相当大的深度（16 位），而您正试图适应只有 8 位的 CV_8U。您可以使用DicomImage::getDepth() 获取DicomImage 实例的深度，然后创建一个具有适当深度的cv::Mat 来保存您的图像数据。

您可能还需要对数据进行规范化以最大限度地利用您的可用范围，以使带有cv::imshow() 的显示看起来符合预期。

所以：

在您的 DCM_image 上执行 DicomImage::getDepth() 创建一个具有足够深度的cv::Mat 来保存您的数据 缩放，如有必要

【讨论】：

我会试一试的。另外，规范化应该在将数据传输到opencv之前还是之后进行？如果之前，这是否也可以使用 getOutputData 来完成？谢谢

我认为如果选择适当的深度，没有任何区别。此外，根据我的经验，一些 DICOM 查看器有异常的标准化，这会导致数据超出范围（屏幕截图上的结构看起来完全是白色的，就像曝光过度一样）。因此，也许您希望以不同的方式规范化您的数据。

我正在创建 cv::mat 如下：cv::Mat test(int(DCM_image.getHeight()), int(DCM_image.getWidth()), CV_MAKETYPE(DCM_image.getDepth(), 1), (long*)DCM_image.getOutputData()); 但是输出仍然没有任何好处。知道为什么吗？

我检查了位深度，它是 17（在我看来这是一个奇怪的数字）。这次输出完全错误，甚至结构都不存在

那么我会避免使用 CV_MAKETYPE，并坚持使用 int of float 作为 Mat 的类型。但我不确定数据在 DCM_image 中的布局方式。我认为你最好参考 DCMTK 手册来找出 stride、padding 等，而不是试图猜测。

【参考方案2】：

在对单色 DICOM 图像调用 DicomImage::getOutputData() 之前，应确保已选择适当的 VOI 转换（例如窗口中心和宽度）。这可以通过 DicomImage::setMinMaxWindow()、DicomImage::setWindow() 等来完成。请参阅DicomImage 类的文档。

但请注意，DicomImage::getOutputData() 始终返回渲染的像素数据，即不是存储在 DICOM 数据集中的原始像素数据。

【参考方案3】：

U 需要读取 DICOM 图像编码中的数据类型并将其转换为 opencv 类型 Mat。 opencv 文档提供了有关其 Mat 标头的全部信息。

【讨论】：

更改了问题以向您展示我到目前为止所拥有的以及结果如何。谢谢

在您的 CV mat header 中，需要交换宽度和高度。结果与原版有多么不同。

你是对的。不过我更关心强度。我将发布一张图片，向您展示它在 DICOM 阅读器上的显示方式。