有效调试闪亮的应用程序

Posted 2023-02-19

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【中文标题】有效调试闪亮的应用程序【英文标题】：Effectively debugging Shiny apps 【发布时间】：2015-11-02 09:51:06 【问题描述】：

我有一个复杂的 Shiny 应用程序，它分布在多个文件中，它使用来自多个包的代码。该应用程序在 R Studio 中本地运行时可以工作，但在我的服务器上它会引发一般错误：

错误：不知道如何将“x”转换为“日期”类

这可能是一个简单的编程错误，但准确地找出错误在代码中的哪里被证明是困难的。

如何查找并修复 Shiny 应用程序中的错误来源？有哪些工具可以系统地做到这一点？

Google Groups 上已经有一些类似问题的讨论。

【问题讨论】：

【参考方案1】：

日期问题：服务器端可能使用不同的操作系统，具有不同的默认字符集编码（例如“latin1”、“utf-8”）。有时，在 R 中加载数据会丢失编码。函数 read.csv 有一个参数 encoding="UTF-8"，你可以使用它。

为了调试，我依赖于打印语句。我也很想知道其他人是否找到了更系统的方法。

【讨论】：

是的，服务器运行的是 Linux，但我的机器是 Windows。如何让print 语句显示在浏览器控制台中？打印语句将显示在 R 控制台中。虽然基本的、简单的“到达这部分”和“到达那个部分”语句帮助我调试。我正在使用 RStudio，并运行 runApp() 在 Chrome 浏览器中显示应用程序。是的，这是 RStudio 中的一个选项，但在远程服务器上运行时这是不可能的。我相信打印语句会显示在服务器日志中。您可能需要服务器管理员的帮助才能访问这些日志。【参考方案2】：

您可以使用logging 和shinyjs 的组合来实现登录服务器。

install.packages("logging")
install.packages("shinyjs")

在你的 ui.R 中，使用 shinyjs::useShinyjs 绑定 shinyjs：

library(shinyjs)

shinyUI(
    fluidPage(
        useShinyjs(),
# etc...

在您的 server.R 中，将 logjs 添加到日志处理程序列表中：

library(magrittr)
library(shinyjs)
library(logging)

basicConfig()

options(shiny.error = function()  
    logging::logerror(sys.calls() %>% as.character %>% paste(collapse = ", ")) )

shinyServer(function(input, output, session) 

    printLogJs <- function(x, ...) 

        logjs(x)

        T
    

    addHandler(printLogJs)
# etc...

然后打印一些东西，使用loginfo。

其他提示

在本地（例如从 RStudio）运行您的应用程序时，使用 options(shiny.error = browser) 或 options(shiny.error = recover) 来确定错误来源。

将尽可能多的业务逻辑放入包和外部脚本中。每当您怀疑它们引起问题时，对它们进行单元测试。 testthat 包可以在这里提供帮助。

如果您希望变量满足某些约束，请添加断言。例如，如果 x 应该是 zoo，请将 assert_that(is.zoo(x)) 放在您的响应式顶部附近。

注意默认的drop 行为。养成在希望结果为data.frame 时指定drop = F 的习惯。

尽量减少代码单元所依赖的变量（选项、环境、缓存、UI 状态等）的数量。弱类型语言已经很难调试了！

尽可能使用正确的 S4 和 S3 类而不是原始 R 结构。

dput 将允许您检查对象的内部结构，并且在尝试在应用程序之外重现错误时非常有用。

尝试在交互式控制台中进行调试，而不是在应用程序中使用 print。这将允许您更快地迭代。如果无法在应用程序之外进行调试，请尝试在问题代码之前调用browser()。

从不在非交互式代码中使用sapply。如果输出为空，它将无法推断出您想要的类型并返回空的list。如果您的结果应该是vector，请使用vapply。如果您的结果应该是list，请使用lapply。

您还应该查看来自 RStudio 团队的 Debugging Shiny Applications。