部署闪亮的应用程序时出错

Posted 2023-02-18

【中文标题】部署闪亮的应用程序时出错

【英文标题】：Error in deploying shiny app

【发布时间】：2018-10-30 01:11:31

【问题描述】：

我写了一个闪亮的应用程序，它依赖于 CRAN、bioconductor 和 Github 的一些包。我想将它部署在 shinyapps.io 上，但出现了一些错误。 首先，我使用 shinyapp.io 用户指南上的指南。仅使用 R 包“rsconnect”，并使用 setAccountInfo 设置帐户，然后使用 rsconnect::deployApp 部署我的应用程序，但出现以下错误。

然后我添加选项(repos = BiocInstaller::biocinstallRepos()) 它允许我在 bioconductor 上安装包，但我的应用程序也依赖于 Github 的包，所以得到以下错误。

【问题讨论】：

添加一些示例代码来重现您的问题。这可能会给你更多的答案；）

【参考方案1】：

请不要发布图片。它对字体大小没有帮助，也无法正确传达您的问题。尝试发布您输入的代码和错误，最后是 sessionInfo()。

根据您的错误，您可能错过了文档Using your R packages in the cloud。

为了让 BioConductor 软件包在 shinyapps.io 上成功安装，必须配置 repos 选项...`

检查您的会话使用的存储库

getOption("repos")  

默认情况下，您应该会看到。缺少 Bioconductor 的地方。

                                            CRAN 
"https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-08-01" 
                                       CRANextra 
            "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin" 

您可以在.Rprofile（R 根目录）中进行全局更改。或创建一个新的.Rprofile。我更喜欢第二种方式，你可以更好地控制。

这里有详细的步骤Package management in RStudio Connect。

在您要部署的应用目录中添加.Rprofile。复制粘贴以下内容。

# A sample .Rprofile file with two different package repositories

local(
  r <- getOption("repos")  
    r["BioCsoft"] <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc" 
    r["BioCann"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/annotation" 
    r["BioCexp"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/experiment" 
r["BioCworkflows"]<- "https://bioconductor.org/packages/3.7/workflows"            
    r["CRAN"]     <- "https://cran.rstudio.com" 
  options(repos = r)
)