如何获得一个散点矩阵，仅由具有 1:1 线的散点图和良好的轴标签组成？

Posted 2023-02-18

【中文标题】如何获得一个散点矩阵，仅由具有 1:1 线的散点图和良好的轴标签组成？

【英文标题】：How to get a scatter matrix consisting of just scatterplots with a 1:1 line, and good axis labels?

【发布时间】：2021-07-16 12:05:01

【问题描述】：

我想要一个只有散点图的矩阵，其中存在 1:1 线。 数据结构如下：

bulk_SIC_25 <- data.frame(soilsample$bulk_SIC_scheibler_25,soilsample$bulk_SIC_LECO.CBLB_25,soilsample$bulk_SIC_RE6_25)
colnames(bulk_SIC_25)<-c("SIC_scheibler_25","SIC_LECO-CBLB_25","SIC_RE6_25")

dataframe里面的数据是：

输入（bulk_SIC_25） 结构（列表（SIC_scheibler_25 = c（8.292、9.648、9.072、6.084、 10.944、12.48、4.368、6.732、5.592、9.024、8.7、9.48、9.588、 3.432, NA, 15.72), SIC_LECO-CBLB_25 = c(6.9, 9.5, 8, 6.6, 11.1, 13, 不适用, 7, 5.5, 8.95, 9.14, 9.6, 9.2, 3.5, 不适用, 不适用), SIC_RE6_25 = c(10.4, 10.7、11.3、8.6、13.2、15.5、6.3、9.6、7.6、10.5、10.7、11.3、 11.4, 5.1, 17.2, 17.9)), class= "data.frame", row.names = c(NA, -16L))

pairs 函数生成一个漂亮的矩阵，其中只有散点图和可见的 x/y 轴和变量名称： example pairs

pairs(bulk_SIC_25, labels=colnames(bulk_SIC_25),gap=0.5, main=" Total Carbon in bulk soil ",lower.panel=NULL, cex.labels=1.5 ,pch=21, bg="Black")`

但是，我无法更改点的大小，也无法添加 1:1 的线。 因此，我切换到带有内部标签的 ggpairs：

Example ggpairs internal labels 代码：

ggpairs(data=soilsample, columns = c("bulk_SIC_scheibler_25","bulk_SIC_LECO.CBLB_25","bulk_SIC_RE6_25"), upper="blank",axisLabels = "internal")+ggtitle(label="Soil Organic Carbon bulk soil")+theme_bw(base_size=15)+geom_abline(intercept=0,slope=1)+labs(x="g C/ kg soil", y= "g C / kg soil")+geom_point(size=3)+  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

但是，如您所见，内部轴标签的网格线与散点图不匹配，因此散点图很难阅读。

我试过了：

limitRangediag <- function(data, mapping, ...) 
      ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
        scale_y_continuous(limits = c(5, 16)) +
        scale_x_continuous(limits = c(5, 16)) 


ggpairs(data=soilsample, columns = c("bulk_SIC_scheibler_25","bulk_SIC_LECO.CBLB_25","bulk_SIC_RE6_25"), upper="blank",lower = list(continuous = limitRange),diag=list(continous=limitRangediag),axisLabels = "internal")+ggtitle(label="Soil Organic Carbon bulk soil")+theme_bw(base_size=15)+geom_abline(intercept=0,slope=1)+labs(x="g C/ kg soil", y= "g C / kg soil")+geom_point(size=3)+
      theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

我知道我在编写函数时做错了，但我对此非常缺乏经验，也不知道我做错了什么。

我也可以放心地将外部标签放在 ggpairs 中的正确位置（因此跳过第一个空白行，并将标签放在图本身之上），但我不知道这样做......： example ggpairs external labels

ggpairs(data=df, columns = c("bulk_SIC_scheibler_25","bulk_SIC_LECO.CBLB_25","bulk_SIC_RE6_25"), upper="blank",diag="blank",axisLabels = "shown")+ggtitle(label="Soil Organic Carbon bulk soil")+theme_bw(base_size=15)+geom_abline(intercept=0,slope=1)+labs(x="g C/ kg soil", y= "g C / kg soil")+geom_point(size=3)+ theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

如果有人可以帮助我修复这 3 个选项中的一个，以获得具有 1:1 线和可调整大小的点以及可读轴标签的散点图矩阵，我将不胜感激！！

【问题讨论】：

使用dput() 显示您的数据。我认为没有人可以在没有看到的情况下发表评论。

好点！我显然是这里的新手 ;-) 我会用这些信息更新我的帖子！

【参考方案1】：

在pairs() 中，您可以将panel= 参数（默认为points()）指定为包含您想要的任何内容的函数，例如对abline() 的调用（在您的情况下，您将使用@ 987654327@，因为您希望下面板为 NULL） cex 参数（传递给面板函数）将改变磅值。

pairs(mtcars[,1:5],
   panel = function(...)  points(...); abline(a=0,b=1,lty=2,col="red") ,
   cex=4,
   gap=0  ## you didn't ask for this but I prefer it
)

在这个特定的示例中，1:1 线并未出现在每个面板中，但原则上它存在（您必须设置 x、y 限制以确保它与面板区域相交）

【讨论】：

这个建议非常有效，非常感谢！！