我需要切换到旧版本的 R 来运行一个脚本

Posted 2023-02-18

【中文标题】我需要切换到旧版本的 R 来运行一个脚本

【英文标题】：I need to switch to an old version of R to run one script

【发布时间】：2020-11-24 03:21:27

【问题描述】：

我正在尝试运行在旧版本 R 上构建的脚本。它在一台运行 R/3.4.4 的计算机上运行。它在另一个运行 R/3.6.3 时中断。作者在他的 github 上检查了一个问题来解决这个问题（我认为），但他正在完成他的博士学位，所以这可能会在两个月、两年或永远不会发生。

我在$HOME/.local 路径中安装了 R/3.4.4（另一个在/usr/bin 中）。当我运行这个脚本时，我只是不知道如何临时指向 .local 中的版本。我尝试使用export R_HOME=$HOME/.local 设置 R_HOME，但 R 忽略了这一点。

我确信以前有人问过这个问题，但我找不到任何不涉及 RStudio 的东西。我的 WSL（运行 Ubuntu 20.04）上没有 RStudio，所以我需要一个基于终端的解决方案。

有人能解释一下怎么做吗？我觉得真的很密集，真的很累。谢谢。

【问题讨论】：

您刚刚运行$HOME/.local/bin/Rscript /path/to/file.R 吗？如果您使用特定的可执行文件来使用，它不会在/usr/bin/ 中查找。 但是，您确实需要所有所需软件包的 R-3.4 版本：通常需要在 R 的次要版本之间“全新”安装它们（3.4 和 3.6 是不同的次要版本）。

您的脚本到底是什么样的？它只是调用R 还是Rscript？如果是这种情况，您的操作系统将搜索您的系统路径以找到该程序。您可以通过调用which R 或which Rscript 查看是否找到了哪一个。如果要更改找到的文件夹，则需要显式传递完整路径，或更改路径环境变量以列出要运行的 R 的文件夹在您不想使用的文件夹之前。 R_HOME 在你启动 R 之后才有意义，它不控制你运行哪个 R。

@r2evans，哇……真的很神奇，剥夺睡眠会对一个人造成什么影响。如果您将其写为答案，我会接受。它与建议的解决方案不同，并且可以更好地解决我的临时需求。我将使用 renv 进行包版本控制！谢谢！

@MrFlick，是的 - 与 r2evans 相同 - 这是我正在寻找的（非常简单！）解决方案。我已经工作了整整 3 天，每天 12 小时......有时在某个点之后，最简单的解决方案对我来说是无法实现的。

【参考方案1】：

更改您的PATH 在某些方面可能有用，但由于（我推断）您打算将其作为异常，因此只需使用可执行文件的完整路径运行它应该足够了。如果您的任务被封装在一个名为script.R 的脚本中，那么也许

$HOMD/.local/R_3.4.4/bin/x64/Rscript /path/to/script.R

应该足够了。

不过，这可能会咬到你，这取决于当前 R 的安装方式。你说它在/usr/bin/，这表明它的库路径可能是这样的：

$ Rscript -e '.libPaths()'
[1] "/usr/local/lib/R/site-library"
[2] "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"

（这里的Rscript 是默认/当前版本）。不幸的是，这些目录中的包没有存储为特定于版本的包，因此使用 R-3.4.4 的更现代版本的包有可能（甚至很可能）会在某种程度上失败。

先发制人的两种策略。假设您在特定目录中拥有 R-3.4.4 的所有软件包，第一个工作正常。

一种方法是为命令设置R_LIBS_USER (env-var)。这可以在同一个命令行上，也可以通过一些.Renviron 文件或类似文件进行控制：

$ mkdir -p .local/R-3.4.4/library
$ R_LIBS_USER=~/.local/R-3.4.4/library Rscript -e '.libPaths()'
[1] "/home/r2/.local/R-3.4.4/library"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

这样，假设所有需要的包都在第一个路径中找到，它永远不会在其他路径中查找，因此应该不会遇到冲突。如果您的脚本是稳定的/不变的，并且您没有在.local 内破坏您的 R-3.4.4 实例，那么......一切都会很愉快。

修改脚本本身以硬控制库路径。通过覆盖R_HOME（环境变量），您可以覆盖所有默认值。

echo "R_HOME=~/.local/R-3.4.4" > .Renviron # current working directory, regardless of script.R
Rscript /path/to/script.R

这假定.local/R_3.4.4 是一个完整 R 安装...它需要所有基本内容以及您可能已安装的任何其他软件包。

【参考方案2】：

您可能在旧目录之后添加了新目录。您可以使用以下方法进行检查：

echo $PATH

如果是这种情况，那么您需要将其添加到路径的前面。假设你安装在/usr/local/bin，那么你应该使用如下命令：

export PATH="/usr/local/bin:$PATH"