ggplot2 未正确保存 geom_raster() 绘图

Posted 2023-05-07

【中文标题】ggplot2 未正确保存 geom_raster() 绘图

【英文标题】：ggplot2 not saving geom_raster() plots correctly

【发布时间】：2013-12-09 15:34:48

【问题描述】：

我用geom_raster 到ggplot 绘制一个 52 x 52 矩阵。

代码在这里：

m <- NULL
for(i in 1:nrow(df))
    for(z in 1:nrow(df))
    if(df[i,][4] > df[z,][4])m<-c(m,((df[i,][[4]]/df[z,][[4]])*100)-100)
    if(df[i,][4] < df[z,][4])m<-c(m,((df[z,][[4]]/df[i,][[4]])*100)-100)
    if(df[i,][4] == df[z,][4])m<-c(m,0.0)


m <- matrix(m,nrow=nrow(df))
colnames(m) <- df$PDB
rownames(m) <- df$PDB


p1 <- ggplot(melt(m),aes(Var1,Var2,fill=value)) + geom_raster() + labs(x="PDB",y="PDB")
p1 <- p1 + theme(axis.text.x = element_text(angle=90,hjust=1))
print(p1)
ggsave(file="ccs_diff_ehss.pdf")

我遇到的问题是当我保存文件时，我得到以下输出：

通过文件>另存为>：

通过 ggsave：

print(p1) 的输出：

正如您所见，print(p1) 的输出比ggsave 和手动保存要清晰得多。如何将图像保存为print(p1) 输出的图像？

这是我的矩阵的一个子集：

           1a29       1cll       1clm      1cm1      1exr       1g4y      1iq5      1lin      1mxe1      1mxe2
1a29   0.000000 18.8967136 19.0727700  3.814554 20.539906 19.3075117  9.330986  1.584507  5.6924883  5.8098592
1cll  18.896714  0.0000000  0.1480750 14.527982  1.382034  0.3455084  8.749329 17.042172 12.4930594 12.3682751
1clm  19.072770  0.1480750  0.0000000 14.697569  1.232134  0.1971414  8.910360 17.215482 12.6596335 12.5346644
1cm1   3.814554 14.5279819 14.6975692  0.000000 16.110797 14.9236857  5.313737  2.195263  1.8089316  1.9219898
1exr  20.539906  1.3820336  1.2321341 16.110797  0.000000  1.0329562 10.252281 18.659734 14.0477512 13.9212424
1g4y  19.307512  0.3455084  0.1971414 14.923686  1.032956  0.0000000  9.125067 17.446563 12.8817324 12.7565169
1iq5   9.330986  8.7493290  8.9103596  5.313737 10.252281  9.1250671  0.000000  7.625650  3.4425319  3.3277870
1lin   1.584507 17.0421722 17.2154824  2.195263 18.659734 17.4465627  7.625650  0.000000  4.0439053  4.1594454
1mxe1  5.692488 12.4930594 12.6596335  1.808932 14.047751 12.8817324  3.442532  4.043905  0.0000000  0.1110494
1mxe2  5.809859 12.3682751 12.5346644  1.921990 13.921242 12.7565169  3.327787  4.159445  0.1110494  0.0000000

【参考方案1】：

我知道这是一个较旧的帖子，但它看起来每月大约有 7 次观看。也许这会对那些访客有所帮助：

图像查看器应用程序本身可能会应用平滑算法。我在尝试解决相同问题时遇到了您的帖子，最终发现我需要在 PDF 查看器首选项中关闭平滑。现在输出文件看起来与 R 中的图相同。

这是给我提示的线程（包括一些关于在何处定位设置的额外说明）。 https://groups.google.com/forum/#!topic/ggplot2/8VLuo1cw6SE

【参考方案2】：

看看ggsave documentation——也许您可以通过手动指定尺寸或 dpi 来提高分辨率。