计算 R 中 big.matrix 的对角线

Posted 2023-04-18

【中文标题】计算 R 中 big.matrix 的对角线

【英文标题】：Calculate the diagonal of a big.matrix in R

【发布时间】：2018-09-21 15:59:38

【问题描述】：

我正在处理几个 1.3e6 行的大平方矩阵，我想要它们的对角线。我需要一种有效的方法来做到这一点，但我不能使用 diag()

library(bigmemory)
A=big.matrix(nrow=1.3e6,ncol=1.3e6,init=3)
diag(A)

有什么想法吗？ 非常感谢您的宝贵时间

【问题讨论】：

不是一个完整的解决方案，但您可以拆分此矩阵（然后使用正常矩阵表示法）还是对您的分析不起作用？例如 A=matrix(3, nrow=1.3e6/100,ncol=1.3e6/100) diag(A) 然后循环 100 次。

你真的有一个 1,300,000 x 1,300,000 big.matrix 吗？获得对角线的一种有效方法是在 Rcpp 中实现它。但是，我认为这里还有其他事情发生..

我只想要一种有效的方法来提取矩阵的对角线。我看到在Rcpp包中有一个函数调用cppFunction来调用C++，而zenglix.github.io/Rcpp_basic中的Li Zeng使用arma::vec中的“diagmat”函数来提取矩阵的对角线。但是，我不知道如何用 cppFunction 调用它

cppFunction('NumericVector diagC(NumericMatrix x) int nrow = x.nrow(), ncol = x.ncol(); NumericVector out(nrow); out=diagmat( x ); return out ; ',depends=arma::vec::iterator)

【参考方案1】：

好的，事实上，这里不需要 Rcpp。 只需使用两列的特殊矩阵访问器：

library(bigmemory)

X <- big.matrix(10, 10); X[] <- 1:100

d <- min(dim(X))
X[cbind(1:d, 1:d)]

X[cbind(1:d, 1:d)] 将访问 X[1, 1]、X[2, 2]、...、X[d, d]。

【讨论】：

非常感谢您的回答。它工作正常，我已经检查了库 profvis，这段代码的性能非常好。