使用 geom_point 在 R 中绘制多列

Posted 2023-02-14

【中文标题】使用 geom_point 在 R 中绘制多列

【英文标题】：plotting multiple columns in R using geom_point

【发布时间】：2022-01-11 04:14:45

【问题描述】：

我有一个如下所示的数据框：

总共 36 列。

数据示例代码：

df <-
  
  structure(
    list(
      Bacteroidaceae = c(
        0,
        0.10944999,
        0.104713314,
        0.125727668,
        0.124136247,
        0.005155911,
        0.005072778,
        0.010231826,
        0.010188139
        
      ),
      Christensenellaceae = c(
        0,
        0.009910731,
        0.010131195,
        0.009679938,
        0.01147601,
        0.010484508,
        0.008641566,
        0.010017172,
        0.010741488
        
      ),
      
      treatment = c(
        "Original Sample1",
        "Original Sample2",
        "Original Sample3",
        "Original Sample4",
        "treatment1_1",
        "treatment1_2",
        "treatment1_3",
        "treatment1_4"
      )
    ),
    class = "data.frame",
    row.names = c(NA,-8L)
  )

我想做的是为数据中的所有列创建图，因此每列将有 2 个图：一个用于处理 1，一个用于原始样本，总共 72 个图

例如：

原始样本类型相同 我尝试使用此代码：

df %>%
  tidyr::pivot_longer(!treatment, names_to = "taxa", values_to = "value") %>%
  dplyr::filter(str_detect(treatment, "Treatment1")) %>%
   for (i in columns(df))
    )
  ggplot(aes(x = treatment, y = value, color = taxa),group=treatment) +
  geom_point() +
  stat_summary(fun.y = mean,
               geom = "line", width = 0.5)+geom_jitter(widh=0.25)
  theme_bw()

但它没有用。 还有其他方法吗？

谢谢

【问题讨论】：

重塑为 'long' 后，代码中的 for (i in columns(df)) ) 是做什么的。是不是笔误？

错误：data 必须是一个数据框，或其他可被fortify() 强制转换的对象，而不是具有 uneval 类的 S3 对象。您是否不小心将aes() 传递给data 参数？

语法不正确，即for 循环位置似乎不正确

“for 循环放置似乎不正确”是什么意思？

df %>% tidyr::pivot_longer(!treatment, names_to = "taxa", values_to = "value") %>% dplyr::filter(str_detect(treatment, "treatment1")) %>% ggplot(aes(x = treatment, y = value, color = taxa), group = treatment) + geom_point() + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line", width = 0.5)+geom_jitter(widh=0.25) theme_bw() 此代码似乎有效

【参考方案1】：

也许这就是你要找的东西：

library(tidyverse)

df %>% 
  pivot_longer(-treatment) %>% 
  mutate(plot = ifelse(str_detect(treatment, "Original"), 
                       "Original Sample", 
                       "Treatment 1"),
         treatment = str_extract(treatment, "\\d+$")) %>% 
  group_by(name) %>% 
  group_split() %>% 
  map(~.x %>% ggplot(aes(x = factor(treatment), y = value, color = factor(name))) +
         geom_point() +
         facet_wrap(~plot) +
         labs(x = "Treatment", y = "Value", color = "Taxa") +
         theme_bw())

这会产生两个图（基于测试数据）：

【讨论】：

问题是我需要在不同的图中绘制所有列，所以我总共将有 72 个图 2 为每列绘制所有 36 列在一个图中会太多

@ElizaR 更新了答案。