使用 geopandas 从 S3 读取文件地理数据库的驱动程序错误

Posted 2023-04-15

【中文标题】使用 geopandas 从 S3 读取文件地理数据库的驱动程序错误

【英文标题】：Driver error reading file geodatabase from S3 using geopandas

【发布时间】：2021-03-04 22:55:28

【问题描述】：

我正在尝试使用 geopandas python 库将文件地理数据库文件读入地理数据框。地理数据库文件在 S3 上，所以我使用 fssspec 读取它，但出现错误：

import geopandas as gpd
import fsspec

fs = fsspec.filesystem('s3', profile='my-profile', anon=False)

它可以读取geojson文件：

# this runs w/o error
g_file = fs.open("my-bucket/my-file.geojson")
gdf = gpd.read_file(g_file)

这会导致错误：

gbd_file = fs.open("my-bucket/my-file.gdb/")
gdf = gpd.read_file(gdb_file, driver="FileGDB")

这是错误回溯：

---------------------------------------------------------------------------
CPLE_OpenFailedError                      Traceback (most recent call last)
fiona/_shim.pyx in fiona._shim.gdal_open_vector()

fiona/_err.pyx in fiona._err.exc_wrap_pointer()

CPLE_OpenFailedError: '/vsimem/83f6a4d8051c449c86c4c608520eb998' not recognized as a supported file format.

During handling of the above exception, another exception occurred:

DriverError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-33-7245da312526> in <module>
----> 1 gdf = gpd.read_file(file, driver='FileGDB')

~/my-conda-envs/nwm/lib/python3.7/site-packages/geopandas/io/file.py in _read_file(filename, bbox, mask, rows, **kwargs)
    158 
    159     with fiona_env():
--> 160         with reader(path_or_bytes, **kwargs) as features:
    161 
    162             # In a future Fiona release the crs attribute of features will

~/my-conda-envs/nwm/lib/python3.7/site-packages/fiona/collection.py in __init__(self, bytesbuf, **kwds)
    554         # Instantiate the parent class.
    555         super(BytesCollection, self).__init__(self.virtual_file, vsi=filetype,
--> 556                                               encoding='utf-8', **kwds)
    557 
    558     def close(self):

~/my-conda-envs/nwm/lib/python3.7/site-packages/fiona/collection.py in __init__(self, path, mode, driver, schema, crs, encoding, layer, vsi, archive, enabled_drivers, crs_wkt, ignore_fields, ignore_geometry, **kwargs)
    160             if self.mode == 'r':
    161                 self.session = Session()
--> 162                 self.session.start(self, **kwargs)
    163             elif self.mode in ('a', 'w'):
    164                 self.session = WritingSession()

fiona/ogrext.pyx in fiona.ogrext.Session.start()

fiona/_shim.pyx in fiona._shim.gdal_open_vector()

DriverError: '/vsimem/83f6a4d8051c449c86c4c608520eb998' not recognized as a supported file format.

另一个潜在的线索： 我可以通过简单地让它工作：

gdf = gpd.read_file("s3://my-bucket/my-file.gdb/", driver="FileGDB")

但仅在属于存储桶访问策略一部分的机器上。我想要的是使用存储在 my-profile 配置文件中的 AWS 凭证从任何机器访问数据。

很遗憾，我无法提供重现错误的方法，因为我在云上做所有事情。它在本地运行良好...

【参考方案1】：

我们在使用 S3 位置和 shapefile（甚至可能是具有只读权限的 NAS 文件夹）的只读密钥时看到了类似的问题。

您可以同时使用具有读写权限和只读权限的密钥吗？我的猜测是，即使只需要读取，后端的 gdal 驱动程序也需要写入权限/访问权限。

错误跟踪的最后部分暗示了驱动程序问题

fiona/_shim.pyx in fiona._shim.gdal_open_vector()
DriverError: ...

如果有人可以确认 gdal 驱动程序所需权限的细节，那就太好了！