如何使用 plink/Unix 将数据从科学计数法转换为十进制？

Posted 2023-04-13

【中文标题】如何使用 plink/Unix 将数据从科学计数法转换为十进制？

【英文标题】：How can I use plink/Unix to convert data from scientific notation to decimal?

【发布时间】：2017-03-02 20:18:13

【问题描述】：

我使用基因数据。我刚刚找到了一台超级计算机来帮助进行基因分析，但我需要将数据转换为超级计算机想要的格式：两列，一列带有染色体信息，一列带有 p 值。 p值列不能有任何字母，但我的一些数据是科学记数法的，像这样：

rs191895619 1.052e-05
rs140779862 0.4406
rs11127542 0.9771
rs112183333 0.02569
rs191067167 0.427
rs111321342 1.042e-05

将多个 E 放在不能包含字母的列中。

我尝试使用grep 使用grep "*e*" filename.txt > outputfilename.txt 和grep "*e-05" filename.txt > outputfilename.txt 将它们移动到自己的文件中，但两次都给了我一个空白的输出文件，即使所有5000 行科学标记的数据都已移动到他们自己的文件中，我不知道如何将数据更改为十进制表示法，除非单独编辑每一行，每个文件需要几天时间。

我可以给 plink 一个命令，以便它给我的数据一开始就不是科学计数法吗？或者我可以在 plink 或 Unix 中使用的命令将我拥有的科学记数法转换为十进制记数法？

【参考方案1】：

您可以使用awk 将科学转换为十进制：

awk 'printf "%s %f\n", $1, $2' file

输出：

rs191895619 0.000011
rs140779862 0.440600
rs11127542 0.977100
rs112183333 0.025690
rs191067167 0.427000
rs111321342 0.000010

您可以通过更改printf 中的%f 部分来调整精度。

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另见：

How remove scientific notation in awk?