使用 R 中 predictABEL 包中的 plotCalibration() 的问题

Posted 2023-02-16

【中文标题】使用 R 中 predictABEL 包中的 plotCalibration() 的问题

【英文标题】：Problems with using plotCalibration() from the predictABEL package in R

【发布时间】：2016-04-15 14:56:26

【问题描述】：

我在使用 plotCalibration() 函数时遇到了一些问题，之前我设法让它工作，但最近在使用另一个数据集 (here is a link to the .Rda data file) 时，我无法摆脱错误消息不断出现：

> plotCalibration(data = data, cOutcome = 2, predRisk = data$sortmort)

Error in plotCalibration(data = data, cOutcome = 2, predRisk = data$sortmort) : The specified outcome is not a binary variable.`

当我尝试将 cOutcome 列设置为因子或逻辑时，它仍然不起作用。

我查看了函数的源代码，唯一出现的错误消息是在第一个 if()else 语句中：

if (length(unique(y))!=2) stop(" The specified outcome is not a binary variable.\n") 
else

但是我检查了length(unique(y))确实是==2，所以不明白为什么错误消息仍然出现！

【参考方案1】：

确保您将数据帧传递给 PlotCalibration。传递 dplyr tibble 可能会导致此错误。使用普通的as.data.frame() 转换对我有用。

【参考方案2】：

使用您之前发送的数据，我没有看到任何错误：

以下输出与校准图一起生成：

> library(PredictABEL)
> plotCalibration(data = data, cOutcome = 2, predRisk = data$sortmort)
$Table_HLtest
               total meanpred meanobs predicted observed
[0.000632,0.00129)   340    0.001   0.000      0.31        0
0.001287             198    0.001   0.000      0.25        0
[0.001374,0.00201)   283    0.002   0.004      0.53        1
0.002009             310    0.002   0.000      0.62        0
[0.002505,0.00409)   154    0.003   0.000      0.52        0
[0.004086,0.00793)   251    0.006   0.000      1.42        0
[0.007931,0.00998)   116    0.008   0.009      0.96        1
[0.009981,0.19545]   181    0.024   0.011      4.40        2

$Chi_square

[1] 4.906

$df

[1] 8

$p_value

[1] 0.7676

【讨论】：

谢谢！我怀疑这里存在名称空间或环境问题。在这种情况下，当我处理数据时，我将不得不尝试删除环境中可能存在的其他对象。

【参考方案3】：

请尝试使用table(data[,2],useNA = "ifany") 查看数据集结果变量的级别数。

函数plotCalibration将在结果为二元变量（两级）时执行。

【讨论】：

我已经确认结果变量只有2个级别：这是使用table(data[,2], useNA="ifany)的结果：` 0 1 1829 4 `跨度>

太好了，您已经尝试过了。这表明 length(unique(y)) 应该是 2，但您之前指出“我已经检查过 length(unique(y)) 确实是 !=2”。为什么会这样？

抱歉打错了，不应该有 !，应该是 == 而我现在已经更正了。