在R中将png图写入pdf文件

Posted 2023-03-28

【中文标题】在R中将png图写入pdf文件

【英文标题】：writing png plots into a pdf file in R

【发布时间】：2013-09-22 01:00:22

【问题描述】：

我必须创建一堆包含大量数据点的图表。到目前为止，我一直在通过将它们全部绘制到一个 pdf-file 中来做到这一点：

pdf("testgraph.pdf")  
par(mfrow=c(3,3))

for (i in 2:length(names(mtcars)))
  plot(mtcars[,1], mtcars[,i])


dev.off()

但是，如果有很多数据点，pdf 文件就会变得太大。因为我对出色的质量不感兴趣，所以我不在乎我的情节是否是矢量图形。所以我想将这些图创建为png，然后将它们插入到pdf 文件中。除了创建R 图表并将它们插入pdf 和knitr 之外，还有其他方法吗（我认为对于这样一个简单的工作来说太乏味了）？

【问题讨论】：

我写了一些代码in this answer可能会感兴趣。

@Roland 感谢您的有趣建议。

【参考方案1】：

你可以

为每个绘图创建 .png 文件 使用png 包重新读取这些内容并 使用grid.arrange将它们绘制成pdf

library(png)
library(grid)
library(gridExtra)

thePlots <- lapply (2:length(names(mtcars)), function(i) 
  png("testgraph.png")
  plot(mtcars[,1], mtcars[,i])

  dev.off()
  rasterGrob(readPNG("testgraph.png", native = FALSE),
    interpolate = FALSE)
)

pdf("testgraph.pdf")
do.call(grid.arrange, c(thePlots, ncol = 3))
dev.off()

【讨论】：

由于某种原因，library(png) 行终止了帖子其余部分的格式...

太好了，谢谢，这正是我想做的！然而，令我惊讶的是，事实上生成的pdf 文件变得更大了……没想到会这样。我想我将不得不研究其他选项以减少此处建议的地块大小。

@BenBarnes：您遇到的格式问题描述为here。

我使用这种技术绘制多个地图，在这种情况下，生成的 pdf 比直接绘制到 pdf 小得多。在您的情况下，在绘图之前降低数据复杂性听起来是个好主意。

【参考方案2】：

如果问题的根源是图中的点太多，那么您可能需要考虑使用六边形分箱而不是常规散点图。您可以使用 bioconductor 的 hexbin 包，或者 ggplot2 包也具有六边形分箱功能。无论哪种方式，在直接创建 pdf 文件时，您都可能会获得更有意义的绘图以及更小的文件大小。

【讨论】：

你是对的，这可能是另一种选择，谢谢！我必须尝试这里的建议，才能找到最适合我的数据的方法。

【参考方案3】：

您可以使用ImageMagick将PNG文件转换为PDF

for i in *.png
do
  convert "$i" "$i".pdf
done

并将生成的文件与pdftk 连接起来。

pdftk *.png.pdf output all.pdf

【讨论】：

谢谢，但我想坚持R 而不使用任何其他软件。