使用 cartopy 绘制来自 netcdf 文件的 4 维变量的数据

Posted 2023-03-13

【中文标题】使用 cartopy 绘制来自 netcdf 文件的 4 维变量的数据

【英文标题】：plotting data from a 4-dimensional variable from a netcdf file with cartopy

【发布时间】：2021-05-28 13:46:49

【问题描述】：

我想知道如何在地图上绘制带有 cartopy 的 NetCDF 文件的变量“r”（相对湿度）的数据？

enter code here

from netCDF4 import Dataset
import cartopy.crs as ccrs
import numpy as np
import xarray as xr
import cartopy.crs as ccrs
import matplotlib.pyplot as plt
ds = Dataset('relative_humidityEne_Dic2003_2020CMAS.nc', 'r')
lon = ds.variables["longitude"]
lat = ds.variables["latitude"]
level = ds.variables["level"]
time = ds.variables["time"]
r = ds.variables["r"]
ax = plt.axes(projection=ccrs.PlateCarree())
r_ds = ds.variables['r'][0, :, :, :]
plt.contourf(lon, lat, r_ds, transform=ccrs.PlateCarree())
ax.coastlines()
plt.show()

---

root group (NETCDF3_64BIT_OFFSET data model, file format NETCDF3):
    Conventions: CF-1.6
    history: 2021-02-19 10:03:12 GMT by grib_to_netcdf-2.16.0: /opt/ecmwf/eccodes/bin/grib_to_netcdf -S param -o /cache/data7/adaptor.marsdev.internal-1613728991.1847723-6796-17-440f19fd-bb8f-478f-bc36-959e3e9d9c42.nc /cache/tmp/440f19fd-bb8f-478f-bc36-959e3e9d9c42-adaptor.marsdev.internal-1613728966.210842-6796-20-tmp.grib
    dimensions(sizes): longitude(480), latitude(241), level(8), time(53)
    variables(dimensions): float32 longitude(longitude), float32 latitude(latitude), int32 level(level), int32 time(time), int16 r(time,level,latitude,longitude)
    groups: 
dict_keys(['longitude', 'latitude', 'level', 'time', 'r'])
las dimenciones variable r es:  ('time', 'level', 'latitude', 'longitude')
(53, 8, 241, 480)

----------------------------------------------------------------------
<class 'netCDF4._netCDF4.Variable'>
int16 r(time, level, latitude, longitude)
    scale_factor: 0.001964639476266317
    add_offset: 64.43876426873042
    _FillValue: -32767
    missing_value: -32767
    units: %
    long_name: Relative humidity
    standard_name: relative_humidity
unlimited dimensions: 
current shape = (53, 8, 241, 480)
filling on
las dimenciones variable r es:  ('time', 'level', 'latitude', 'longitude')
(53, 8, 241, 480)

############################################## ########## 消息错误

Traceback（最近一次调用最后一次）： 文件“/usr/lib/python3/dist-packages/IPython/core/interactiveshell.py”，第 3331 行，在 run_code 执行（code_obj，self.user_global_ns，self.user_ns） 文件“”，第 1 行，在 runfile('/home/leo/Documentos/Universidad/Trabajo_de_investigación/PerfilesVerticalesContaminantesAtmosfera/Datos/readNetdcf42003_2020CMAS.py', wdir='/home/leo/Documentos/Universidad/Trabajo_de_investigación/PerfilesVerticalesContaminantesAtmosfera/Datos') 运行文件中的文件“/snap/pycharm-professional/230/plugins/python/helpers/pydev/_pydev_bundle/pydev_umd.py”，第 197 行 pydev_imports.execfile(filename, global_vars, local_vars) # 执行脚本 文件“/snap/pycharm-professional/230/plugins/python/helpers/pydev/_pydev_imps/_pydev_execfile.py”，第 18 行，在 execfile exec(compile(contents+"\n", file, 'exec'), glob, loc) 文件“/home/leo/Documentos/Universidad/Trabajo_de_investigación/PerfilesVerticalesContaminantesAtmosfera/Datos/readNetdcf42003_2020CMAS.py”，第 65 行，在 plt.contourf(lon, lat, r_ds, transform=ccrs.PlateCarree()) 文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/pyplot.py”，第 2577 行，位于 contourf __ret = gca().contourf( 包装器中的文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/cartopy/mpl/geoaxes.py”，第 321 行 返回函数（自我，*args，**kwargs） 文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/cartopy/mpl/geoaxes.py”，第 1586 行，位于 contourf 结果 = matplotlib.axes.Axes.contourf(self, *args, **kwargs) 文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/init.py”，第 1447 行，在内部 返回 func(ax, *map(sanitize_sequence, args), **kwargs) 文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/axes/_axes.py”，第 6335 行，位于 contourf 轮廓 = mcontour.QuadContourSet(self, *args, **kwargs) init 中的文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/contour.py”，第 816 行 kwargs = self._process_args(*args, **kwargs) _process_args 中的文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/contour.py”，第 1430 行 x, y, z = self._contour_args(args, kwargs) _contour_args 中的文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/contour.py”，第 1488 行 x, y, z = self._check_xyz(args[:3], kwargs) _check_xyz 中的文件“/home/leo/.local/lib/python3.8/site-packages/matplotlib/contour.py”，第 1514 行 x = np.asarray(x, dtype=np.float64) asarray 中的文件“/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/numpy/core/_asarray.py”，第 102 行 返回数组（a，dtype，copy=False，order=order） TypeError: array() 不带参数（1 个给定）

【问题讨论】：

你能修复你的代码突出显示吗？在代码前一行使用三个反引号（```），在最后一行使用三个。

【参考方案1】：

你应该可以使用我的 ncplot 包 (https://pypi.org/project/ncplot/) 做到这一点：

from ncplot import view
view('relative_humidityEne_Dic2003_2020CMAS.nc', 'r')

这将创建一个交互式绘图。

【讨论】：

当我使用 (ncplot) 我有几个错误。文件“/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/hvplot/converter.py”，第 1067 行，在 call 中引发 ImportError('Datashading is not available') ImportError: Datashading is不可用

好的，这很奇怪。其中一个依赖项应该安装 datashader，但它似乎不再在 pypi 上。但它确实在 conda-forge 上。因此，最近对依赖项的更新肯定有问题。今天下午我会更新pypi版本。现在你应该可以使用pip install datashader

来解决这个问题

文件 "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/holoviews/plotting/bokeh/element.py"，第 1359 行，在 _init_glyphs self._update_glyph(renderer, properties, mapping , glyph, source, source.data) 文件“/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/holoviews/core/options.py”，第 227 行，在 exit 中引发 AbbreviatedException( etype, value, traceback) holoviews.core.options.AbbreviatedException: AttributeError: 'str' object has no attribute 'dataspecs' 要查看原始回溯，捕获此异常并调用 print_traceback() 方法。

您愿意帮助我编写我正在编写的代码吗？这行代码给了我一个错误。 plt.pcolormesh (ilon, ilat, r_ds, 60, transform = ccrs.PlateCarree ()) ----------------------------------------------- ------ # plotear variables en el map r_ds = [ds.variables['r'][:]] lon_ds = [ds.variables['longitude'][:]] lat_ds = [ds.variables['latitude'][:]] ilon, ilat = np.meshgrid(lon_ds, lat_ds) h = plt.pcolormesh(ilon, ilat, r_ds, 60, transform=ccrs.PlateCarree()) ax.coastlines() plt.show()

好的。这似乎是一个依赖破坏事物的问题。你能修改你原来的问题，以便清楚哪条线导致了问题吗？尝试删除与错误无关的任何代码。例如，打印在这里没有真正的目的