NetworkX graphviz_layout 不工作？

Posted 2023-03-12

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【中文标题】NetworkX graphviz_layout 不工作？【英文标题】：NetworkX graphviz_layout not working? 【发布时间】：2015-07-14 13:46:26 【问题描述】：

我在尝试使用 NetworkX 和 graphviz_layout 绘制具有许多节点的图形时遇到问题。更具体地说，传递给 nx.graphviz_layout 的参数根本没有帮助。附上我使用的代码：

G=some_graph()

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(32,32))

# use graphviz to find radial layout
pos=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",
                       root=1000,
                       args='-splines=true -nodesep=0.6 -overlap=scalexy'
                       )

nx.draw(G,pos,
        with_labels=True,
        alpha=0.5,
        node_size=600,
        font_size=10
        )

plt.savefig("imagenet_layout.png")

无论我如何更改 nx.graphviz_layout 中的“args”，输出图像都是相同的，并且所有节点相互重叠。有人可以帮我吗？谢谢！

【问题讨论】：

G=some_graph() 不足以让我们重现您的问题。你能给出一个有这个问题的图表，或者至少告诉我们你的G的属性吗？ 【参考方案1】：

对我来说，似乎为了给prog 提供参数，您需要使用格式'-G' +'argsname=x'。我注意到在示例中他们将 docs arg epsilon 设为G.draw(‘test.ps’,prog=’twopi’,args=’-Gepsilon=1’)。所以我尝试了如下所示的模式。我只是在论点前添加了 G 。现在，这些参数根据您使用的 prog 有很大的不同，因此您肯定希望使用 'dot' 来完成您想要完成的任务。您可以查看所有可能的参数以及它们如何与每个 prog here 一起使用。对于我的海豚，我需要 nodeep=0.01。

G=some_graph()

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(32,32))

# use graphviz to find radial layout
pos=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",
                       root=1000,
                       args='-Gsplines=true -Gnodesep=0.6 -Goverlap=scalexy'
                       )

nx.draw(G,pos,
        with_labels=True,
        alpha=0.5,
        node_size=600,
        font_size=10
        )

plt.savefig("imagenet_layout.png")

这是我的图表与代码的比较，有无 args。首先没有参数。

A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)        # convert to a graphviz graph
A.layout(prog='neato')            # neato layout
#A.draw('test3.pdf')

A.draw('test3.png' )

带参数

A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)        # convert to a graphviz graph
A.layout(prog='dot')            # neato layout
#A.draw('test3.pdf')

A.draw('test3.png',args='-Gnodesep=0.01 -Gfont_size=1', prog='dot' )

因此，一旦我让 args 起作用，您就会看到图像有所不同。

【讨论】：

听起来很有希望。你能和外行分享G=some_graph()是什么吗？任何类型的 nx.graphviz 例如

G=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",                        root=1000,                        args='-splines=true -nodesep=0.6 -overlap=scalexy'                        )

【参考方案2】：

我对 pygraphviz 的documentation 的阅读表明overlap 不适用于dot。

对于nodesep：