2 树状图 + 来自 scipy 的压缩相关矩阵的热图

Posted 2023-03-12

【中文标题】2 树状图 + 来自 scipy 的压缩相关矩阵的热图

【英文标题】：2 Dendrograms + Heatmap from condensed correlationmatrix with scipy

【发布时间】：2019-03-02 05:09:02

【问题描述】：

我尝试创建这样的东西： plotting results of hierarchical clustering ontop of a matrix of data in python

不幸的是，当我尝试执行代码时，我收到以下警告：

Warning (from warnings module):
  File "C:\Users\USER1\Desktop\test.py", line 15
    Y = sch.linkage(D, method='centroid')
ClusterWarning: scipy.cluster: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix

Warning (from warnings module):
  File "C:\Users\USER1\Desktop\test.py", line 22
    Y = sch.linkage(D, method='single')
ClusterWarning: scipy.cluster: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix

此外，一个小窗口打开但崩溃...

【参考方案1】：

您链接的代码有问题：它将平方距离矩阵传递给linkage。 linkage 的第一个参数经常引起混淆，因此在最新版本的 scipy 中，如果传入看起来像平方距离矩阵的东西，代码会生成警告。

您必须修改代码以不将平方距离矩阵传递给linkage。如果您已经有这样的矩阵，您可以使用函数scipy.spatial.distance.squareform 将其转换为linkage 期望的压缩形式。

为避免进一步混淆，我更新了链接答案中的代码，以便将压缩距离矩阵传递给linkage。

【讨论】：

警告消失了，但窗口仍然崩溃。