使用 HDF5 库和 h5py 模块的交替错误

Posted 2023-03-11

【中文标题】使用 HDF5 库和 h5py 模块的交替错误

【英文标题】：Alternating errors using HDF5 library and h5py module

【发布时间】：2020-07-10 01:11:30

【问题描述】：

我创建了一个 CNN 模型并尝试将其保存为 .h5 文件，然后再加载该模型。我在 Anaconda 的虚拟环境中工作。有趣的是，我可以在虚拟环境中的 Jupyter Notebook 中毫无问题地做任何事情。但是，当我尝试在终端中运行它（加载模型，然后评估它）时，它不起作用。我有一组交替出现的错误，这些错误在网络上有解决方案，但这些解决方案要么导致死胡同，要么导致其他错误。

第一个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "MNIST.py", line 64, in <module>
    main()
  File "MNIST.py", line 62, in main
    evaluate_model()
  File "MNIST.py", line 54, in evaluate_model
    model = models.load_model('final_model.h5')
  File "C:\Users\Josh Cruz\Documents\.conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\keras\engine\saving.py", line 492, in load_wrapper
    return load_function(*args, **kwargs)
  File "C:\Users\Josh Cruz\Documents\.conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\keras\engine\saving.py", line 582, in load_model
    if H5Dict.is_supported_type(filepath):
  File "C:\Users\Josh Cruz\Documents\.conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\keras\utils\io_utils.py", line 209, in is_supported_type
    isinstance(path, h5py.Group) or
AttributeError: module 'h5py' has no attribute 'Group'

我还没有找到修复Attribute Error: module 'h5py' has no attribute 'Group' 的特定修复程序，但我确实找到了similar issues online，其解决方案建议我应该使用conda install -c conda-forge h5py 将h5py 更新到2.10.0。这对我来说很有意义，因为组似乎是 2.10.0 h5py 文档的一部分。

安装后会出现：

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
h5py-2.9.0                 |nompi_py36h9dfa0df_1103         909 KB  conda-forge
------------------------------------------------------------
                                       Total:         909 KB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  h5py               conda-forge/win-64::h5py-2.9.0-nompi_py36h9dfa0df_1103

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  certifi              pkgs/main::certifi-2019.11.28-py36_1 --> conda-forge::certifi-2019.11.28- 
py36h9f0ad1d_1

我很困惑，因为我以为我安装的是 2.10.0 版本。我还是安装了，尝试重新运行我的程序并得到一个全新的错误：

Headers are 1.10.4, library is 1.10.5
        SUMMARY OF THE HDF5 CONFIGURATION
        =================================

General Information:
-------------------
               HDF5 Version: 1.10.5
              Configured on: 2019-03-04
              Configured by: Visual Studio 14 2015 Win64
                Host system: Windows-10.0.17763
          Uname information: Windows
                   Byte sex: little-endian
         Installation point: C:/Program Files/HDF5

为了篇幅，我没有包含整个错误，但是整个错误可以在this question中找到。建议做pip install h5py --upgrade --no-dependencies --force，但这样做会导致同样的错误。另一个消息来源（我现在找不到）说可能存在同时安装 pip 和 conda 的问题，所以我运行 pip uninstall h5py，但错误仍然存​​在。然后，使用建议here，我运行conda install -c anaconda hdf5=1.10.4，以便库与标头匹配。我被困在这里，因为即使我再次运行我的程序，我仍然会得到同样的错误。我不明白为什么，图书馆现在不应该是1.10.4吗？

然后其他地方建议我卸载，然后重新安装。如果我卸载，我会收到我写下的第一个错误。当我重新安装时，循环再次开始。任何帮助将不胜感激。

【参考方案1】：

您是否已经尝试过使用 hdf5=1.10.5 在此运行 conda install -c anaconda hdf5=1.10.5 而不是使用 hdf5=1.10.4？

您在 conda 环境中安装了 1.10.4 hdf5 库，Tensorflow 的某些依赖项具有更新的 hdf5 1.10.5 头文件。

尝试将您的 conda hdf5 库更新到较新的 1.10.5 或使用以下命令：

set HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK=2 

这应该禁用警告，但不提供正确执行的任何保证，因此最好将 hdf5 库更新到相同的版本 1.10.5。

如果这还不够，请尝试以下解决方法：

首先，尝试删除 h5py 2.10.0 版本的更新，将其还原为原始版本并

通过以下方式将 hdf5 升级到 1.10.5 版本：

conda install -c anaconda hdf5=1.10.5

然后卸载一个双重（如果你安装了双重 h5py）通过以下方式安装 h5py：

conda uninstall h5py pip uninstall h5py

如果你只有一个然后卸载它

最后通过

再次升级到hdf5 2.10.0版本

conda install -c conda-forge h5py

我希望这会有所帮助。

【讨论】：

原来也是通过pip安装的，不仅仅是pip3和conda。所以在 conda、pip 和 pip3 上卸载后，我在 conda 上安装了它，它可以工作了。