如何使用 h5py 读取只有数据集（无组）的 HDF5 文件？

Posted 2023-03-11

【中文标题】如何使用 h5py 读取只有数据集（无组）的 HDF5 文件？

【英文标题】：How to read HDF5 files that have only datasets (no groups) using h5py?

【发布时间】：2015-04-17 08:05:07

【问题描述】：

我有想要使用 Python 模块 h5py（在 Python 2.7 中）打开的 HDF5 文件。

当我有一个包含组和数据集的文件时，这很容易：

import h5py as hdf

with hdf.File(relative_path_to_file, 'r') as f:
    my_data = f['a_group']['a_dataset'].value

但是，在我目前的情况下，我没有组。只有数据集。不幸的是，无论我尝试什么，我都无法访问我的数据。以下都不起作用（全部与 KeyErrors 或 ValueErrors 中断）：

my_data = f['a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['/a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['/']['a_dataset'].value #KeyError

my_data = f['']['a_dataset'].value #ValueError

my_data = f['.']['a_dataset'].value #KeyError

如果没有解决方案，我可以将我的文件重新制作成一个组。不过，看起来确实应该有一个解决方案......

似乎 h5py 没有看到任何键：

f.keys()
[]

【问题讨论】：

f.keys() 包含什么？打印出来看看！

对不起，我应该把它包括在内。我得到一个空列表：[]

那么我怀疑您的 HDF5 文件实际上包含任何内容。您是否尝试过使用 h5ls 或类似工具进行检查？也许您可以分享 h5ls 的输出或向我们展示生成 HDF5 文件的代码？

当我用 HDHView 打开文件时可以看到数据，所以我知道它在那里。在 HDFView 中，我可以使用 [/a_dataset] 之类的语法选择每个数据集，但这在 python h5py 中不起作用。

您绝对肯定您检查了f.keys 在 with hdf… 块内？

【参考方案1】：

我发现了这个问题，我认为这是 h5py 应该解决的问题。

问题（我最初忘记在问题中详细说明，现在已编辑）是我使用 relative 文件路径打开 hdf5 文件。当我使用 absolute 文件路径时，一切正常。

遗憾的是，这会给我带来麻烦，因为我的代码打算在不同的机器上可移植地运行......

感谢 gspr 和 jimmyb 的帮助 :-)

【讨论】：

2019 年，我可以确认该问题尚未解决。感谢您的回答...

【参考方案2】：

当我使用相对路径时效果很好。

写作：

fileName = "data/hdf5/topo.hdf5"

with h5py.File(fileName, 'w') as f:
    dset = f.create_dataset('topography', data = z, dtype = 'float32')

读取数据：

with h5py.File(fileName, 'r') as f:
    my_data = f['.']['topography'].value

【参考方案3】：

我认为这应该可行：

f['.']['a_dataset']

你可能会尝试这样做：

dir(f['/']) 
dir(f['.'])

【讨论】：

遗憾的是它对我不起作用。当我使用 f.keys() 时，我得到一个空列表。

为所有这些选项返回空的键列表。由于某种原因，没有组成员资格...