hdf5 / h5py ImportError: libhdf5.so.7

Posted 2023-03-11

【中文标题】hdf5 / h5py ImportError: libhdf5.so.7

【英文标题】：

【发布时间】：2012-07-19 21:08:08

【问题描述】：

我正在开展一个项目，该项目涉及 RHEL 6.3 (x86_64) 系统上的网络消息传递队列（msgpack、zmq、...）。我正在安装最新的 glib、gevent、pygobject、pygtk 等软件包，以便让 pylab / matplotlib 工作（也没有成功）。

放弃后，我回到了我的代码，不知何故我设法破坏了我的 hdf5 / h5py 安装 - h5py 在导入时找不到 libhdf5.so.7。我立即在 RHEL 6.3 (x86_64) 上的 /usr/local/hdf5 中重新安装了 hdf5-1.8.9，如下所示：

./configure --prefix=/usr/local/hdf5
make
make check
sudo make install
make check install

这似乎工作得很好。然后我去重新安装h5py（在python 2.7.3中）：

python2.7 setup.py build --hdf5=/usr/local/hdf5/
python2.7 setup.py test   # optional
# sudo python2.7 setup.py install

在测试中导入 _errors 文件失败，如下：

======================================================================
ERROR: _hl.tests.test_attrs_data (unittest.loader.ModuleImportFailure)
----------------------------------------------------------------------
ImportError: Failed to import test module: _hl.tests.test_attrs_data
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 252, in _find_tests
    module = self._get_module_from_name(name)
  File "/usr/local/lib/python2.7/unittest/loader.py", line 230, in _get_module_from_name
    __import__(name)
  File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/_hl/tests/test_attrs_data.py", line 5, in <module>
    import h5py
  File "/home/cronburg/Downloads/h5py-2.0.1/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/__init__.py", line 1, in <module>
    from h5py import _errors
ImportError: libhdf5.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory


----------------------------------------------------------------------
Ran 12 tests in 0.001s

FAILED (errors=12)

在我安装上述软件包/压缩包之前，h5py 工作正常，我不记得接触过任何看起来像 hdf5 的东西。有什么想法吗？

编辑： 试图定位文件只显示在我解压缩它的位置：

cronburg@rhel:~/Downloads/h5py-2.0.1$ locate libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/hdf5/lib/libhdf5.so.7.0.3
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7
/home/cronburg/tmp/hdf5-1.8.9/src/.libs/libhdf5.so.7.0.3

【问题讨论】：

已将 /usr/local/hdf5/lib/ 添加到我的 LD_LIBRARY_PATH 中，现在 h5py 可以工作了（在那里找到了 .so）。跨度>

【参考方案1】：

看看： http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/3/srodzaj/1/search/libhdf5.so.7()(64bit)

或者应该试试这个 repo：https://ius.io/Packages/

我更喜欢始终使用最新的 Python 版本，采用包格式。

https://dl.iuscommunity.org/pub/ius/stable/Redhat/6/x86_64/repoview/python27.html

sudo yum install -y https://centos6.iuscommunity.org/ius-release.rpm
sudo yum install -y python27
sudo yum install -y python27-devel

做一个pip install 并快乐：

$ sudo pip install h5py
Installing collected packages: h5py
Successfully installed h5py-2.6.0

【讨论】：

KarlC 看看

对我的情况没有帮助，因为出于某种原因我需要手动安装 hdf5（这是一个 4 年前的问题，我不太记得为什么 - 可能需要一个不在 pip 中的版本时间）。问题更多的是“我正在构建这个包，为什么会出现这个错误”而不是“请教我如何使用 pip 和 RHEL 包管理器”。

【参考方案2】：

在干净的 raspbian 上使用 h5py 时，这也发生在我身上。您需要先安装系统库。

apt install libhdf5-dev

然后

pip install h5py

【讨论】：

对于具有当前支持的 h5py 版本的 ubuntu，是的。然而，我的问题是关于 rhel 的版本不被 repos 支持的 h5py。

你说得很好，这就是为什么我在回答当天提到了 raspbian，因为它发生在我身上。谢谢