“中位数”没有可见的全局函数定义

Posted 2023-03-10

【中文标题】“中位数”没有可见的全局函数定义

【英文标题】：no visible global function definition for ‘median’

【发布时间】：2015-09-16 21:53:43

【问题描述】：

自从最新的 R 更新以来，我收到了 Note

summary.xmlImport：

在 CRAN 检查中。更多注释参考R中的read.table、write.table和其他标准函数。

当我查看我的文件 summary.xmlImport 时，该文件如下所示：

summary.xmlImport <- function(object, ...)

   rowCount <- sapply(object,nrow)
   cat("Summary of xmlImport object\n")
   cat("---------------------------\n")
   cat("Sequences    :",length(object),"\n")
   cat("Min hits     :",min(rowCount),"\n")
   cat("Average hits :",mean(rowCount),"\n")
   cat("Median hits  :",median(rowCount),"\n")
   cat("Max hits     :",max(rowCount),"\n")
   invisible(object)

 

我不明白，为什么我现在应该将 median 函数添加到 NAMESPACE，但为什么不添加 min、mean 等。注释仅与 median 函数有关。

有人知道 Note 的原因是什么以及如何解决它吗？我注意到目前有很多 R 包具有相同的注释。

我可以在未声明的变量的上下文中理解此警告，但我会假设 median()、read.table() 和此类函数在 R 中是全局可见的，尤其是 mean() 似乎是！？

编辑：我只收到关于 CRAN 的注释，但没有在我的本地计算机上收到这使得搜索解决方案有点讨厌...我计算机的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

【问题讨论】：

不确定是否相关，但函数length、mean、min 和max 来自base，函数median 来自stats。

感谢您的提示，我假设median 也会在base 中，我会尝试将stats 包导入到NAMESPACE，可能是因为仅在R.3.2.1 中然后base 函数全局可见...

根据托马斯的回答，是这样的。

出于同样的原因，我开始讨论 package-devel-mailinglist。另一个建议是选择性地添加命名空间。

【参考方案1】：

从Monday June 29, 2015 开始，所有非base 函数必须在 NAMESPACE 中显式导出才能传递R CMD check --as-cran。发生这种变化是因为现在检查代码时只附加了 base 包，因此必须明确列出默认包中的函数（例如 stats）。

要导入这些包，请考虑执行以下操作：

在说明中，您可能希望将它们列在Imports 中。几乎没有理由在 Depends 中列出软件包。 在 NAMESPACE 中，您可以在import(stats) 或importFrom(stats, ...) 之间进行选择，其中... 是一个或多个逗号分隔的函数名称。 （如果您使用roxygen2::roxygenize() 或devtools::document() 生成文档和NAMESPACE，类似的标记将是#' @import stats 和#' @importFrom stats ...。）

如果您想以模仿此模式的方式与 R 交互工作，您将希望仅在附加的基本包的情况下启动 R。 There are several ways to do this，但可能最简单的方法是在 shell 中设置环境变量：R_DEFAULT_PACKAGES=NULL 或在 .Renviron 文件中，然后使用 R --vanilla 启动 R。在终端或 bash 中，这将是：

$ export R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
$ R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

在 Windows 命令提示符下会是：

C:\>SET R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
C:\>R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

【讨论】：

谢谢，看来以后读R-Devel还是值得的。

@DanielFischer 是的，CRAN 对 R-devel（即 R 的每日发布）运行检查，因此在您尝试提交之前，您需要安装该 R 版本并通过其检查运行您的包.它们可以每天更改，恕不另行通知。

那么当前推荐的这些 R 核心包（例如 stats）的语法是什么？它们应该如何包含在描述和命名空间中——你能否给出正确的语法？在 Depends 或 Imports 下？

所以如果我使用 roxygen，我是否应该在 Imports 中包含 stats 等，然后在任何使用来自 stats 的函数的函数中放入 @import stats 呢？

@TomWenseleers 我不知道 roxygen，因为我不使用它。关于检查，只需确保您在最新的 R-devel（即每日构建）上运行所有内容，而不是最新的 R 版本。这可能是您得到不同结果的原因。