如何分析 R 包中的底层 C 代码？

Posted 2023-03-06

【中文标题】如何分析 R 包中的底层 C 代码？

【英文标题】：How do I profile the underlying C-code in an R package?

【发布时间】：2019-05-06 14:22:14

【问题描述】：

我对 C 有很好的了解，但对 R 却知之甚少。我在 Windows7 上的 R-studio 中从源代码安装了一个 R-package (coxme)，其中包括将几个 C 文件编译成一个 .dll。这个包不是独立的，它依赖于至少 2 个其他包（可能更多）。它运行得太慢了，所以我想看看是否可以通过先对其进行分析来加快速度。我使用 R 包“profvis”来分析 R 代码，但它只告诉我 98% 的时间被“coxme”包使用，而没有提供任何进一步的细节。对 R 包的调用类似于：

frail.xg=coxme(Surv(y.vec,delta.vec)~x.mat+g.vec+(1|fiid.vec),varlist=list(K.mat))

整个包没有名为coxme(...)的函数，所以我不知道我如上所示调用这个包后发生了什么。我标记了包的“src”目录中的每个函数以打印（附加）到文件中，但只有init() 函数在注册包时在安装时触发。一旦我从 R-Studio 中运行 coxme，其他功能都不会打印到该文件。除了init() 函数之外，当我调用coxme(...) 时，似乎包中的所有C 函数都没有被执行。我的做法是这样的：

remove.packages("coxme")

在 coxme“src”目录中操作 C 代码以打印到某个外部文件“我是函数 XYZ 等”。创建 coxme.tar.gz

install.packages('E:/Workdir/AOO/R/coxme/coxme.tar.gz', repos = NULL, type="source")
library("coxme")
frail.xg=coxme(Surv(y.vec,delta.vec)~x.mat+g.vec(1|fiid.vec),varlist=list(K.mat))

这会产生一些预期的结果。 但是似乎没有一个 C 函数受到影响，我的分析代码也没有。所以我的问题是：

究竟执行了什么？ 我如何着手并找出 coxme 包中大部分时间消耗的内容？

【问题讨论】：

也许可以先回答一个更直接的问题：***.com/help/formatting

coxme 调用 coxme.fit 调用 C 函数：github.com/cran/coxme/blob/master/R/coxme.fit.R#L152

好的，这很有趣。谢谢！

也许这会有所帮助how to find the source of a function

也许这会有所帮助：jimhester.com/2018/08/22/debugging-rstudio

【参考方案1】：

主要问题是 Rstudio（至少在 Windows7 上）在加载后不会更新任何 .dll。所以我对 C 代码的编辑从未生效，因为旧的 .dll 从未被替换，即使我通过 install.packages() 卸载并重新编译也是如此。我不得不完全退出 Rstudio 并手动删除包目录（coxme）。然后从我编辑的源代码中重新启动安装中的 Rstudio。现在，我的编辑提供了预期的结果。

【讨论】：

您可以尝试Build 窗格中的More > Clean & Rebuild 选项来强制删除.o/.so 对象，然后再重新安装

您是否成功加速了coxme 包？我正在使用它，估计 2500 个人需要 3 秒，这对我来说太慢了。我必须引导它。