如何分析 Rcpp 代码（在 linux 上）

Posted 2023-03-06

【中文标题】如何分析 Rcpp 代码（在 linux 上）

【英文标题】：How to profile Rcpp code (on linux)

【发布时间】：2017-09-25 20:03:58

【问题描述】：

我用 Rcpp 制作了一个 R 包，其中整个模拟在 C++ 中运行，结果在 R 中分析。现在我需要分析我的函数以便优化它们，但是 R 分析器无法区分 C++ 函数内部发生的情况，并且当函数只能从 R 内部运行时，我不知道如何运行 C++ 分析器。

到目前为止，我发现了一些使用 gperftools 的建议（questions 和 tutorials），但指南不完整（也许他们假设我缺乏一定的知识水平？），缺少链接，我继续运行入墙。因此这个问题。这是我所在的位置：

安装 gperftools（我是用 pacman 从 extra/gperftools 安装的） 在 C++ 头文件中包含 gperftools/profiler.h 在 C++ 代码中围绕我想要分析的内容添加 ProfilerStart("myprof.log") 和 ProfilerStop() 使用 -lprofiler 编译 运行“$ CPUPROFILE="myprof.log" R -f myscript.R"

当前的墙是 gcc 告诉我“Undefined Symbol: ProfilerStart”，所以我认为链接有问题？

【问题讨论】：

嗯，它在过去对我有用，如我网站上的一些较旧的幻灯片所示...

【参考方案1】：

gperftools 给我的印象不是很深。此外，它似乎是一个检测分析器，基于采样的分析器更易于使用并且可能运行得更快。 Intels VTune 是一款出色的基于采样的分析器，如果您是教育用户，可免费使用。即使您没有，您的组织也可能已经拥有许可证。

转到您的 gperftools 问题，是的，这是一个链接器问题。由于您已决定不分享任何相关信息（链接命令？编译命令？实际错误消息？），我们无法进一步帮助您。

【讨论】：

你完全正确，我真的应该在问题中包含我的 Makevars。我想我希望人们会完全推荐我其他的分析器？

【参考方案2】：

毕竟这是一个链接错误，由于我是第一次使用 Makevars，所以缺乏经验。 在第 4 步中，我将“-lprofiler”添加到 PKG_CXXFLAGS，用于编译，而我应该将它添加到 PKG_LIBS。我进行了更改，现在分析器工作正常。这是我现在的 Makevars：

PKG_CXXFLAGS += -Wall -pedantic -g -ggdb #-fno-inline-small-functions PKG_LIBS += -lprofiler CXX_STD = CXX11