使用 geom_density_2d_filled R 中的密度图问题

Posted 2023-02-14

【中文标题】使用 geom_density_2d_filled R 中的密度图问题

【英文标题】：Issues with density plots in R using geom_density_2d_filled

【发布时间】：2022-01-14 09:15:41

【问题描述】：

我有 x 和 y 位置，我想使用 ggplot 绘制密度图，但是它给了我以下错误：

seq_len(n) 中的错误：参数必须强制为非负数 整数另外：警告消息：1：计算失败 stat_density2d_filled()：带宽必须严格为正 2：在 min(x, na.rm = na.rm) : min 没有非缺失参数；返回 Inf 3：在 max(x, na.rm = na.rm) 中：max 没有非缺失参数； 返回 -Inf 4：在 max(f) 中：max 没有非缺失参数； 返回 -Inf

x 和 y 都是数字，没有缺失值。但我仍然不断收到同样的错误。我使用的代码是：

  ggplot(Fish, aes(x=xpos, y=ypos)) + 
geom_density_2d_filled(aes(fill = ..level..), alpha=0.85, breaks= c(0,10^-5, 10^-4,10^-3,10^-2,10^-1,1),
                       contour_var = "ndensity") +
scale_fill_brewer(type = "seq",palette = "Spectral", direction = -1)

此代码适用于其他鱼的 x 和 y 位置的其他数据集。但是这个数据集给出了错误。

带有数据的 CSV 文件的链接是：Link

任何帮助将不胜感激。

谢谢

【问题讨论】：

根据您的描述，这可能是您的数据中的某些内容，而不是您的代码，因此如果没有您的数据样本，将很难提供帮助。

我不知道如何在这里提供数据，但我添加了一个链接来下载带有数据的 .csv 文件。

如果可能，请使用dput(yourdata) 并粘贴输出而不是提供链接。这将确保我们拥有准确的结构来重新创建您的数据。

【参考方案1】：

这是您的数据问题，而不是代码问题。在ypos = 30 (~82%) 和ypos==0 处存在不成比例的ypos 值。这使其计算密度的能力变得复杂（可能会产生NaN 或Inf，因为seq_length() 需要一个数字）。

如果您删除此问题，您粘贴的代码确实有效，因此我建议您仔细检查数据或导致数据的代码，而不是此代码本身。

Fish <- read.csv(".../fish.csv")

NewFish <- Fish[Fish$ypos>0 & Fish$ypos<30,]

ggplot(Fish, aes(x = xpos, y = ypos)) + 
  geom_density_2d_filled(aes(fill = ..level..), alpha=0.85, breaks= c(0,10^-5, 10^-4,10^-3,10^-2,10^-1,1),
                         contour_var = "ndensity") +
  scale_fill_brewer(type = "seq",palette = "Spectral", direction = -1)