使用 LaTeX 的 knitr 和 .Rnw，如何在 PDF 输出中打印完整的参考书目？

Posted 2023-03-31

【中文标题】使用 LaTeX 的 knitr 和 .Rnw，如何在 PDF 输出中打印完整的参考书目？

【英文标题】：With knitr and .Rnw for LaTeX, how do you print the full bibliography in PDF output?

【发布时间】：2016-01-24 18:42:23

【问题描述】：

我似乎无法破解所有可能性，并在 RStudio、knitr、.Rnw 脚本和“编译 PDF”按钮的 PDF 输出中插入完整的参考书目。 PDF 中所需的文本将是被引作品的详细信息。

这是一个 Lilliputian bibtex 文件，名为 jabrefbibtest.bib，保存在工作目录中。

@BookGreentargetEngagement2012,
  Title                    = "2012 - In - House Counsel New Media Engagement Survey",
  Author                   = "Inside Counsel ",
  Publisher                = "Greentarget",
  Year                     = "2012",
  Pages                    = "20",
  Plots                    = "9",
  Tables                   = "0",
  Url                      = "http://www.greentarget.com/wp-content/uploads/2012/01/2012GTZGICSurveyReportFinal-WebsiteVersion.pdf"

@BookCitiprivateBank,
  Title                    = "Intellectual Leadership with Law Watch",
  Author                   = "",
  Publisher                = "",
  Year                     = "2008",
  Pages                    = "2",
  Plots                    = "1",
  Tables                   = "4",
  Url                      = "http://www.citigroup.com/privatebank/lawassociates/pdfs/lawwatch/slipsheet.pdf"

.Rnw 脚本，被剥离，是

\documentclass[11pt]article  

\usepackage[backend=bibtex]biblatex
% \addbibresource     # not sure if this is needed

\begindocument

<<bibbackground, echo=FALSE, include=FALSE>>=
setwd("~/R/knitr docs/")
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
           BIBINPUTS=getwd(),
           BSTINPUTS=getwd())
@

\bibliographystyleplain
\bibliographyjabrefbibtest

Here is one citation \citeGreentargetEngagement2012 and here is a second \citeCitiprivateBank.

Now do full References show below?

\printbibliography   
\enddocument

日志：

! Package biblatex Error: '\bibliographystyle' invalid.

See the biblatex package documentation for explanation.
Type  H <return>  for immediate help.
 ...                                              

l.59 \bibliographystyleplain

Use the package option 'style' instead.
I'm ignoring this command.


! LaTeX Error: Can be used only in preamble.

See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type  H <return>  for immediate help.
 ...                                              

l.60 \bibliography
                  jabrefbibtest
Your command was ignored.
Type  I <command> <return>  to replace it with another command,
or  <return>  to continue without it.

LaTeX Warning: Citation 'GreentargetEngagement2012' on page 1 undefined on inpu
t line 62.
[more omitted]

与The Latex Companion，Dynamic Documents with R and knitr，作者 Yihui Xie，两本 LaTeX 入门书和 262 页的 biblatex 手册我一直在努力阅读这些网站的复杂建议。无果。

https://tex.stackexchange.com/questions/71565/knitr-and-biblatex

https://tex.stackexchange.com/questions/63852/question-mark-instead-of-citation-number

http://texblog.org/2013/08/20/rknitr-automatic-bibliography-generation-with-biblatex-in-rstudio/

http://www.inside-r.org/packages/cran/knitcitations/docs/bibliography

评论后编辑

所有的PDF文件都是这样的：

参考资料 这是一个引文 [?]，这是第二个 [?]。 现在完整的参考文献显示在下面吗？

【问题讨论】：

如果您注释掉/删除\usepackage[backend=bibtex]biblatex 行会发生什么...？

@BenBolker：注释掉该行会导致生成 PDF——进步！ -- 但是引用是空的 [?] 并且没有完整的参考。 PS感谢您的编辑。没有意识到我可以格式化 bibtex 和查看日志。

在 Rnw 文件中使用 setwd() 也可能是个坏主意。如果你取出 bibbackground 块会发生什么？

非常感谢您的宝贵时间。我删除了该块但没有任何改进，并且没有生成 PDF。查看日志部分说，“LaTeX 警告：输入第 3 行上的空 `thebibliography' 环境。。它没有找到 .bib 文件，尽管它在工作目录中。[这就是为什么我认为该块是需要；告诉 knitr 等在哪里可以找到 bibtex 文件])

尝试明确并将 .bib 放在 \bibliographyjabrefbibtest.bib

【参考方案1】：

正如错误消息告诉你的那样：

不要使用\bibliographystyleplain（这不适用于biblatex）；改用\usepackage[]biblatex 中的style 选项； \bibliographyjabrefbibtest 必须放在序言而不是正文中。

纠正这些问题后，它应该可以工作了：

\documentclass[11pt]article  

\usepackage[backend=bibtex]biblatex
\bibliographyjabrefbibtest
% or use \addbibresourcejabrefbibtest.bib

\begindocument

Here is one citation \citeABFWomenFirstChairs2015 and
here is a second \citeACCGCSkills2013.

Now do full References show below?

\printbibliography   
\enddocument

顺便说一句，RStudio 可能不支持biblatex 的默认后端biber，所以使用了backend=bibtex 选项。

【讨论】：

拍摄错过了你的回答@Yihui 我将留下我的回复，虽然它也是一样的，以防它也提供信息。

谢谢一辉。我运行了你的代码，它产生了引用，但没有产生我最后想要的完整参考书目。这是来自 PDF，这是 GreentargetEngagement2012 的一个引文，这是 CitiprivateBank 的第二个引文 现在是否完整的参考文献显示如下？

【参考方案2】：

我完全使用下面的这个设置来获取（注意我不喜欢在 knitr/rmarkdown 中更改 wd 并删除它；而且你在 Rnw 中的键与 mwe 中的键不匹配）：

\documentclass[11pt]article

\usepackage[american]babel
\usepackage[style=apa,backend=biber,bibencoding=latin1]biblatex
\DeclareLanguageMappingamericanamerican-apa

\addbibresourcejabrefbibtest.bib


\begindocument

<<bibbackground, echo=FALSE, include=FALSE>>=
#setwd("~/R/knitr docs/")
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
           BIBINPUTS=getwd(),
           BSTINPUTS=getwd())
@

%\bibliographystyleplain

Here is one citation \citeGreentargetEngagement2012 and here is a second \citeCitiprivateBank.

Now do full References show below?

\printbibliography
\enddocument

同样在 Rnw 编织之后，我必须通过 LaTeX 编译器运行 tex 文件以第一次呈现引用。

【讨论】：

对不起，你的回答的最后一句话是什么意思，如何“通过 LaTeX 编译器运行 tex 文件”？

我打开 miktex 并通过它运行 .tex 文件（RStudio/knitr 从 Rnw 文件中生成 tex）。这会添加参考（在此之前没有参考部分和引文显示为粗体的 bibkey）。一旦你运行一次 tex 文件，只要你不改变引用，你就可以在 RStudio 中运行 rnw 文件。如果您更改引文，则需要重新运行 tex 文件以使引文再次起作用。这很可能是一辉提到的 biber 和 RStudio。

【参考方案3】：

我总是将\bibliographyjabrefbibtest 放在我希望引用出现的脚本末尾。

【参考方案4】：

要在参考书目中包含 .bib 文件中的所有参考文献，即即使是您最终没有引用的参考文献，请包含以下行 \nocite* 就在\printbibliography 行之前