异常处理并在 python 中继续 for 循环

Posted 2023-02-25

【中文标题】异常处理并在 python 中继续 for 循环

【英文标题】：Exception handling and continuing with a for loop in python

【发布时间】：2014-11-13 15:56:50

【问题描述】：

我有以下代码：

import Bio
from bioservices import KEGGParser, UniProt, QuickGO

#start a new method of my custom 'Retrieve_Data' class
def locate_common_GO(self,list_of_genes,GO_term):
    
    #initialize variables and classes
    q = QuickGO()
    a = Retrieve_Data()
    b=[]

使用（自定义方法）hugo2uniprot获取 uniprot IDS

for i in range(0,len(list_of_genes)):
    b.append(a.hugo2uniprot(list_of_genes[i],'hsa'))
    print 'Gene:  \t UniProtID: '.format(list_of_genes[i],b[i])
    

搜索 GO 术语（使用 bioservices'QuickGO）并存储为字典

GO_dict = 
q = QuickGO()

我拥有的一些大型基因名称列表没有返回任何命中。 这些会导致我想要处理一个AttributeError，然后转到列表中的下一个项目。当前代码返回错误：

AttributeError: 'int' 对象没有属性 'split'。

错误源于bioservices 模块（所以当我调用q.Annotation 时）

for i in range(len(b)):
    try:
        GO_dict[list_of_genes[i]] = q.Annotation(protein=b[i], frmt="tsv", _with=True,tax=9606, source="UniProt", col="goName")
    except AttributeError:
        continue

# The rest of this code is irrelevant to my problem but I've included it for completeness: 
# Essentially it is designed to locate specific keywords in the results of the above code and return the gene name that they came from. 
keys = GO_dict.keys()
matches = []
for gene in range(0,len(keys)):
    if GO_term in GO_dict[keys[gene]].splitlines():
        matches.append(keys[gene])
return matches

是否有人对异常处理工作有任何建议，以便完成对指定列表的迭代而不是停止脚本？

【问题讨论】：

AttributeError 的详细信息是什么？“不起作用”是什么意思？此外，使用 range() 而不是直接循环遍历列表是 Python 中的代码异味。也许你想要enumerate()，所以你有一个索引计数器？

它是否引发了除AttributeError 之外的异常？是什么导致脚本停止执行？更多信息会很有用。

@Tom - 你是想告诉我 enumerate() 会和 range(n,m) 做同样的工作吗？

@slurms - 我已编辑问题以尝试提供更多详细信息

也许它在第一个循环中失败了（使用（自定义方法）hugo2uniprot 获取 uniprot IDS）。它会通过所有基因吗？它不应该在第二个失败，因为循环明确捕获AttributeError...

【参考方案1】：

好的，我刚刚意识到问题在于错误来自不同的代码位......所以我基本上没有尝试处理任何事情。我现在已经解决了，感谢所有回复的人。