如何为数据点选择唯一颜色

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何为数据点选择唯一颜色

【英文标题】：How select unique color for data points

【发布时间】：2019-05-10 05:18:06

【问题描述】：

我需要为不同的84类型绘制Tsne的不同向量表示。

library(Rtsne); library(ggplot2)

mydata <- read.table("tsneVectors.tsv", header=FALSE, sep="\t")

matrixdata <- data.matrix(mydata)

tsne <- Rtsne(as.matrix(matrixdata[ ,2:201]), check_duplicates = FALSE, pca = FALSE, 
              perplexity=30, theta=0.5, dims=2)

tsne_plot <- data.frame(x = tsne$Y[ ,1], y = tsne$Y[ ,2], col = matrixdata[ ,202])

ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=factor(col))) + 
    labs(x="", y="", col="col")+theme(legend.title=element_blank()) +  
    theme(panel.border = element_rect(colour = "black"), 
    panel.grid.major = element_blank(), 
    panel.grid.minor = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), 
    axis.line = element_line(colour = "black")) + theme_bw()

问题是虽然颜色看起来是连续的，但有时真的很难看出它们之间的区别。

那么，有没有什么办法可以设置不同的颜色，以便更清楚地看到不同的组？

【问题讨论】：

问题是你想要84色点

我的意思是即使有连续的颜色，但只考虑第一种颜色（不是整个范围，不清楚它们之间的区别）@paoloeusebi

【参考方案1】：

我认为甚至不可能找到人眼容易区分的 84 种颜色。

将它们分成多个地块，每个地块 10-15 组。

带有grid.arrange() 函数的gridExtra 包将对此很有用。

【讨论】：

我理解你，但我需要它们来比较它们。但我的意思是即使有连续的颜色，但只考虑第一种颜色（不是整个范围，不清楚它们之间的差异）

如何使用多个绘图，并在每个绘图中使用颜色突出显示选定的几个，而将其余部分留为黑色？

【参考方案2】：

也许你可以尝试根据合适的切点打破连续变量。使用cut 很简单，它将颜色美学范围划分为根据它们所属的间隔标记的间隔。

 library(ggplot2)
 col_intervals <- 3
 ggplot(data = mtcars, aes(x=mpg, y=wt, colour = cut(hp, col_intervals)) ) + 
 geom_point() 

另一种选择

ggplot(data = mtcars, aes(x=mpg, y=wt) ) + 
geom_point(aes(colour = hp)) +
  scale_colour_gradientn(colours = terrain.colors(10))

【讨论】：

什么是变量 hp？

hp=总马力/mpg=每加仑英里数/wt=重量