基于非数字第三变量的热图轴重新排序 - ggplot2

Posted 2023-02-16

【中文标题】基于非数字第三变量的热图轴重新排序 - ggplot2

【英文标题】：Reorder axis of heatmap based on non-numeric third variable - ggplot2

【发布时间】：2021-08-20 12:52:57

【问题描述】：

我正在 ggplot2 中创建热图，我想重新排列 Y 轴。

查看过去的帖子后，我了解如何根据 X 轴和 Y 轴变量重新排序，但我想根据数据框中的第三个未绘制的非数字变量重新排序 Y 轴.

我的热图显示术语与治疗，但每个术语都有一个源数据库 - 这就是我想要订购术语的地方。 如您所见，术语 A 和 D 来自数据库 2，术语 B 来自数据库 1，术语 C 来自数据库 3。 所以y轴的顺序应该是Term B、Term A、Term D、Term C。 目前排序为 Term D, C, B, A

编辑：这实际上只是我的数据的一部分，我有很多术语，所以不想手动指定顺序。不过我没有太多数据库，所以很乐意手动订购。

library(ggplot2)
terms <- rep(c("Term A", "Term B", "Term C", "Term D"), 3)
treatments <- c(rep("Treatment 1", 4), rep("Treatment 2", 4), rep("Treatment 3", 4))
source <- rep(c("Database 2", "Database 1", "Database 3", "Database 2"), 3)
data <- c(1.923598e-06, 1.307195e-04, 1.307195e-01, 1.307195e-04, 1.740412e-03, 3.446243e-05, 3.834140e-02, 2.654140e-03, 2.976543e-04, 1.111198e-06, 1.376595e-04, 2.923598e-06)
df <- data.frame(terms, treatments, source, data)
ggplot(df, aes(x=treatments, y=terms, fill=-log10(data))) +
  geom_tile()

【参考方案1】：

一个快速的解决方案是添加 scale_y_discrete 并使用 limits 参数，您可以使用源变量对 y 轴进行排序：

 ggplot(df, aes(x=treatments, y=terms, fill=-log10(data))) +
  geom_tile() +scale_y_discrete(limits=unique((df$terms)[order(df$source)]))

【讨论】：

这很好用——但我的问题是我实际上有大约 50 个术语，所以我真的不想手动订购它们。抱歉，我应该更清楚一点。

刚刚编辑了我的答案以适合您的大数据框