phyloseq箱线图的变量着色

Posted 2023-02-16

【中文标题】phyloseq箱线图的变量着色

【英文标题】：Coloring by variable for phyloseq boxplots

【发布时间】：2021-12-19 02:09:53

【问题描述】：

我有一个箱线图（见下文），我想根据指定的调色板为变量着色。我不确定如何为它们着色，因为代码基于 Phyloseq 包。我尝试在plot_richness 中添加aes()，但它似乎只适用于geom_boxplot()。

library(ggplot2)
library(phyloseq)

palette <- c("#B0F2E7", "#166AD0", "#F89EE9", "#DA0000", "#C6C3D3", "#23202C")

plot_richness(physeq_shime, x='System', measures='Shannon') + theme_bw() + 
  xlab('SHIME') + scale_y_continuous(limits=c(2.0,3.2)) + 
  geom_boxplot(aes(fill='System')) 

如何按照自定义调色板的顺序填充箱线图？

提前致谢。

【问题讨论】：

数据长什么样，举个例子？也许在没有 phyloseq 的情况下使用 ggplot(...) + geom_boxplot()，见 ***.com/a/52507872/680068

我没有发布数据，因为数据集是基于 phyloseq 对象的。除非我使用不同的程序，否则我不可能在 phyloseq 之外获得 alpha 多样性值。

如果您将“调色板”提供给plot_richness 的“颜色”参数会怎样？ plot_richness(physeq_shime, x='System', measures='Shannon', color = palette)

不起作用，因为它说“错误：没有要解析的表达式”。我试过在plot_richness 上使用color=，但还没有成功。

【参考方案1】：

这对我有用

library(ggplot2)
library(phyloseq)

palette <- c("#B0F2E7", "#166AD0", "#F89EE9", "#DA0000", "#C6C3D3", "#23202C")

plot_richness(physeq_shime, x='System', measures='Shannon') + theme_bw() + 
  xlab('SHIME') + scale_y_continuous(limits=c(2.0,3.2)) + 
  geom_boxplot(lwd=0.9, alpha=0.7, aes(fill=sample_data(physeq_shime)$System)) +
  scale_fill_manual(values=palette)