R中的绘图函数产生图例而不调用legend（）

Posted 2023-02-16

【中文标题】R中的绘图函数产生图例而不调用legend（）

【英文标题】：plot function in R producing legend without legend() being called

【发布时间】：2021-08-26 11:57:36

【问题描述】：

我正在尝试使用 R 中的 plot() 为竞争危害生存分析生成累积发生率图。出于某种原因，生成的图有一个我没有调用的图例。图例与我图表上的线条相交，我不知道如何摆脱它。请帮忙！

我的代码如下：

CompRisk2 <- cuminc(ftime=ADI$time_DeathTxCensor, fstatus=ADI$status, group=ADI$natADI_quart)
cols <- c("darkorange","coral1","firebrick1","firebrick4","lightskyblue","darkturquoise","dodgerblue","dodgerblue4")
par(bg="white")
plot(CompRisk2,
     col=cols,
     xlab="Years",
     ylab="Probability of Mortality or Transplant",
     xlim=c(0,10),
     ylim=c(0,0.6))

这会产生以下情节：

我尝试添加以下代码以将图例移出框架，但出现错误：

legend(0,5, legend=c(11,21,31,41,12,22,32,42),
col=c("darkorange","coral1","firebrick1","firebrick4","lightskyblue","darkturquoise","dodgerblue","dodgerblue4"),
lty=1:2, cex=0.8, text.font=4, box.lty=0)

错误：标题错误（...）：无效的图形参数

任何帮助将不胜感激！

【参考方案1】：

我不认为省略号参数用于plot.cuminc 内的legend 调用。 Ben 的回答中提供的代码表明可能有一个 wh 参数来确定图例的位置。在他提供的代码中，它没有在参数中命名为“x”，而是作为位置定义的参数给出。如果您查看 plot.cuminc 函数，您实际上会发现 wh 已记录在案。

我无法对此进行测试，因为您没有向我们提供对 ADI-object 的访问权限，但我的建议是尝试：

opar <- par(xpd=TRUE) # xpd lets graphics be placed 'outside'
plot(CompRisk2,
     col=cols, wh=c(-.5, 7), 
     xlab="Years",
     ylab="Probability of Mortality or Transplant",
     xlim=c(0,10),
     ylim=c(0,0.6))
 par(opar)  # restores original graphics parameters

在没有测试的情况下发布代码块总是有点冒险，但我很高兴地报告我确实找到了合适的测试，并且它似乎可以按预期合理地工作。在 SO 问题 prior question about using the gg-packages for cmprsk 中的对象上使用以下代码：

library(cmprsk)
# some simulated data to get started
comp.risk.data <- data.frame("tfs.days" = rweibull(n = 100, shape = 1, scale = 1)*100,
                             "status.tfs" = c(sample(c(0,1,1,1,1,2), size=50, replace=T)),
                             "Typing" = sample(c("A","B","C","D"), size=50, replace=T))

# fitting a competing risks model
CR <- cuminc(ftime = comp.risk.data$tfs.days, 
             fstatus = comp.risk.data$status.tfs, 
             cencode = 0,
             group = comp.risk.data$Typing)

opar <- par(xpd=TRUE) # xpd lets graphics be placed 'outside'
plot(CR,
      wh=c(-15, 1.1),  # obviously different than the OP's coordinates
     xlab="Years",
     ylab="Probability of Mortality or Transplant",
     xlim=c(0,400),
     ylim=c(0,1))
par(opar)   # restores graphics parameters

我让图例从其原始位置向上和向左移动。

【参考方案2】：

您正在使用 cmprsk 包中的 cuminc 函数。这将产生一个 cuminc 类的对象，它具有 S3 绘图方法。 ?plot.cuminc 显示文档，输入 plot.cuminc 显示代码。

有一些略显晦涩的代码暗示了一种解决方法：

 u <- list(...)
    if (length(u) > 0) 
        i <- pmatch(names(u), names(formals(legend)), 0)
        do.call("legend", c(list(x = wh[1], y = wh[2], legend = curvlab, 
            col = color, lty = lty, lwd = lwd, bty = "n", bg = -999999), 
            u[i > 0]))
    

这表示在... 中传递的任何其他参数其名称与legend 的参数名称匹配 将被传递给legend()。 legend() 有一个 plot 参数：

情节：合乎逻辑。如果为“FALSE”，则不绘制任何内容，但返回大小。

所以看起来将plot=FALSE 添加到您的plot() 命令将起作用。

原则上，您可以尝试查看legend() 的其他参数，看看它们是否会根据需要调整图例位置/大小。不幸的是，legend 的 x 参数（将确定水平位置）被 plot.cuminc 的第一个参数所掩盖。

【讨论】：

这是一个极其罕见的例子，你似乎错过了显而易见的事情。我提到只是因为你通常是“街区最聪明的孩子”w.r.t。回归包，如果有点不完整，我确实发现答案很有用。我想你在盯着答案。