R命令行将文件名传递给参数中的脚本（Windows）

Posted 2023-02-24

【中文标题】R命令行将文件名传递给参数中的脚本（Windows）

【英文标题】：R command line passing a filename to script in arguments (Windows)

【发布时间】：2011-06-16 01:01:10

【问题描述】：

我很难将文件名传递给我的 R 脚本。该文件是一个 csv 文件，其中包含脚本多次运行的批处理参数。我试图在此处包含它，以便用户无需编辑 R 脚本即可指定该文件的位置。

我的 Windows 命令行语法是：

R CMD BATCH --slave "--args fn=batch.csv" myscript.r output.txt

在我的 R 脚本中，我最接近检索它的方法是：

eval(parse(file=commandArgs()[8])))
batch_args = read.table(fn, sep=",")

我试过commandArgs(trailingOnly=TRUE)和parse(text=commandArgs()[8])等，没有运气。我看到的大多数文档都不适用于传递文件名。谁能想到解决办法？

【问题讨论】：

我建议使用Rscript 而不是R CMD BATCH。您使用的是哪个版本的 R？

使用 R 2.12.0。我可以使用相同的语法使用 Rscript 吗？

不，语法不同。比较?Rscript 和?BATCH。

【参考方案1】：

“没有运气”是什么意思？文件名就在里面，在 commandArgs() 函数中，你只需要弄清楚如何取出它。代码和错误消息很方便。

如果唯一的额外参数是文件名，那不是问题，你知道它的位置。当您开始进行更复杂的参数传递时，您会感到困惑。

您还通过传递“fn=foo.csv”使事情复杂化。只需传递文件名并将其分配给脚本中的 fn 即可。如果你真的想使用 eval 你可能需要引用你的文件名，因此 myscript.r 是：

ca = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
eval(parse(text=ca))
print(read.csv(fn))

然后运行：

R  --slave "--args fn='batch.csv'" < myscript.r
     A B C
   1 1 2 3
   2 6 8 3

其中 batch.csv 是一个简单的 csv 文件。

您可以在脚本中对“ca”进行循环并评估所有内容。不过这有点危险，因为您很容易破坏基本功能。

我个人会遍历 ca，查找一组已知名称的名称=值对，然后设置它们。基本上实现了getopt，但可能已经有人这样做了......

【讨论】：

几乎可以工作，但在尝试执行 read.table 时会中断，因为“batch.csv”不是正确的文件名而是字符串。我虽然给它完整的路径可能会有所帮助，但是它会因为空格而中断。目前，我从所有文件所在的目录（.r、.txt 和 .csv）运行它。

没有“正确的文件名”这样的东西。 R 将文件名存储在字符串中。 fn="batch.csv"; read.csv(fn) 将从文件 batch.csv 中读取。

好的，我的示例现在从 csv 文件中读取作为概念验证。

当我从上面运行 R --slave "--args fn='batch.csv'"

我不知道 COMMAND.COM 是如何处理单引号或双引号的。我在 Windows 安装上做的第二件事是安装 Cygwin。首先是安装 Firefox 以获取 Cygwin。

【参考方案2】：

正如我在评论中所说，我会使用Rscript 而不是R CMD BATCH：

Rscript myscript.R batch.csv

myscript.R 包含的位置：

args <- commandArgs(TRUE)
batch_args <- read.table(args[1], sep=",")
# loop over multiple runs

【讨论】：

使用这个确切的语法，我得到“错误：找不到函数“batch_args”。但是，如果我输入 print(args) 语句，“batch.csv”就在那里。

我不介意使用 Rscript，但我可以将输出写入类似于 R CMD BATCH --slave 的文件吗？为什么 Rscript 更好？

@Benjamin：我认为您复制和/或粘贴了错误的内容。我发布的代码不可能给你这个错误，因为那个错误需要像batch_args()这样的东西。

【参考方案3】：

除了使用 Rscript（正如 Josh 所说）之外，您还应该使用 CRAN 包 getopt 或 optparse，因为它们就是为此目的而编写的。

【参考方案4】：

试试

fn="batch.csv"; R CMD BATCH --slave "--args $fn" myscript.r output.txt