R包重塑函数融化错误：使用很多因素时在数据中找不到id变量

Posted 2023-02-14

【中文标题】R包重塑函数融化错误：使用很多因素时在数据中找不到id变量

【英文标题】：R package reshape function melt error: id variables not found in data when working with a lot of factors

【发布时间】：2012-09-01 11:03:38

【问题描述】：

我正在处理来自mothur 的稀疏输出，它基本上为我提供了一个数据集，其中包含采样的序列数和多个样本中的唯一序列数。我想使用 ggplot2 来可视化这些数据，因此需要使用 melt 从 wide 转换为 long 格式。

问题是由于melt 的错误，我无法完成这项工作。这基本上说明了

错误：在数据中找不到 id 变量：1、3、6、（...等）

由于原始数据集的大小，在这里共享它是不切实际的，但是应该能够使用以下代码重新创建相同的问题：

a<-seq(0,300,3)
b<-runif(length(a))
c<-runif(length(a))
d<-as.data.frame(cbind(a,b,c))
d$a<-as.factor(d$a)
melt(d,d$a)

这给出了完全相同的错误：

错误：在数据中找不到 id 变量：0,3,6,9, (...)

我看不出我做错了什么。我在 ubuntu 服务器 12.04 上使用 R 2.15.1。函数reshape::melt 和reshape2::melt 都会导致相同的错误。

【参考方案1】：

你应该使用：

melt(d, id.vars="a")
      a variable       value
1     0        b 0.019199459
2     3        b 0.693699677
3     6        b 0.937592641
4     9        b 0.299259963
5    12        b 0.485403439
...

---

在?melt.data.frame的帮助下：

数据 要融化的数据框

id.vars id 变量的向量。可以是整数（可变位置）或 字符串（变量名）如果为空，将使用所有非测量变量

因此，您的 id.vars 参数应该是名称的字符向量，例如“a”或数字向量，例如1。此向量的长度应等于您想要作为 id 的列数。

相反，您使用的因子包含的元素远远多于数据中的列数。

【讨论】：

非常感谢您的回答。之前用过melt功能，但是在帮助中明显忽略了。

@FMKerckhof：这是一个相当普遍的认知错误。您需要提供该列的“名称”作为要熔化的第二个参数，而不是提供 d$a 返回的该列中的值。在这种情况下，您可以只使用数字 1。