HDBSCAN：ValueError：numpy.ndarray 大小已更改，可能表示二进制不兼容。预期来自 C 标头的 88，从 PyObject 得到 80

Posted 2023-02-23

【中文标题】HDBSCAN：ValueError：numpy.ndarray 大小已更改，可能表示二进制不兼容。预期来自 C 标头的 88，从 PyObject 得到 80

【英文标题】：HDBSCAN: ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 88 from C header, got 80 from PyObject

【发布时间】：2021-10-30 05:26:44

【问题描述】：

我尝试初始化 HDBSCAN 以在 JupytherLab 中进行聚类。我使用 Python 3.7.6..

import numpy as np
import pandas as pd

from sklearn.datasets import load_digits

from sklearn.manifold import TSNE
import hdbscan

总是出现相同的错误（见标题），直到现在我不知道它究竟是从哪里来的。

我查看了几个帖子后的解决方案，但直到现在还没有解决方案对我有帮助。

例如：

卸载并安装 numpy。 已安装 numpy >= 1.20.0 试过像 pip install package --no-cache-dir --no-binary :all:这样的行 试过以下包版本组合：hdbscan=0.8.19, matplotlib=3.2.2, numpy=1.15.4, pandas=0.23.4, scikit-learn=0.20.1, scipy=1.1.0, tensorflow=1.13 .1.

我也尝试过安装 tensorboard 之类的软件包，但没有帮助。一切都是通过终端和 pip 安装的。

我开始想，问题可能更深——但也许我忽略了一些重要的事情。

有人可以帮我找出错误吗？

最好的问候

菲利普

【参考方案1】：

升级 numpy 库解决了这个问题。 我的numpy版本是1.22.0，sklearn版本是0.24.1。

你也应该看看这里：ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 88 from C header, got 80 from PyObject

【讨论】：

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@Flair 这是有道理的。我会更新我的答案。谢谢

【参考方案2】：

我猜你可能已经看到了很长的HDBSCAN GitHub issue 似乎仍然没有明确的解决方案。不幸的是，它似乎以奇怪的方式影响不同的系统，并且有大量可能的解决方案和对其他人有用的东西（就我个人而言，上周我遇到类似问题时，重新安装 numpy 对我有用。）

您可以尝试这么多事情但仍然无法正常工作，这一事实似乎令人怀疑。也许有关您的 Python 安装或您尝试它们的方式的其他内容会影响解决方案？例如，JupyterLab 是否肯定使用与您尝试这些解决方案相同的 Python 环境？ （您可以通过卸载 HDBSCAN 并查看错误是否更改为“找不到包”来测试这一点。）

除了 GitHub 问题中的许多解决方案（听起来您已经尝试过），我真的认为除了重新安装 Python 之外，您没有其他可以尝试的方法。 NumPy 1.20 和对 C API 的更改导致了这个问题，可能是每次您尝试这些解决方案时都潜伏在您的安装中。

或者，您可以使用pyenv 或 anaconda 之类的工具创建一个新的 Python 安装/环境，这样它就不会破坏您现有的安装，并且您可以尝试在这个新安装中只安装最低限度（即只是 HDBSCAN。）

【讨论】：

请添加更多详细信息以扩展您的答案，例如工作代码或文档引用。