闪亮应用程序中的 RMarkdown

Posted 2023-02-14

【中文标题】闪亮应用程序中的 RMarkdown

【英文标题】：RMarkdown in Shiny Application

【发布时间】：2016-02-03 15:17:08

【问题描述】：

问题

有没有办法在闪亮的应用程序中插入（和评估）RMarkdown 脚本。 （注意，我不是在寻找在 RMarkdown 中解释为 here 的闪亮应用程序，也不是在寻找闪亮的 Markdown 脚本 (see Shiny Gallery Markdown)）

我正在构建一个包含文本、方程式、代码块、绘图和交互式元素的应用程序。为方便起见，我将 Markdown 文件用于文本和方程式，并且有时希望在两者之间绘制一个图（即在 RMarkdown 中编写大部分内容）。由于闪亮的应用程序更复杂（我使用shinydashboard，包括它的许多独特功能），我更喜欢不使用first link 中描述的方法的选项。

一个最小的工作示例是：

R 文件：

library(shiny)

ui <- shinyUI(
  fluidPage(
    includeMarkdown("RMarkdownFile.rmd")
  )
)
server <- function(input, output) 

shinyApp(ui, server)

和“RMarkdownFile.rmd”在同一个文件夹中：

This is a text

$$ E(x) = 0 $$ 

```r, eval = T
plot(rnorm(100))
```

结果：

目标

如果我编织rmd-文件，我想要的是输出：

具体来说，我想获得代码块的评估（绘制一些东西...），并且我想获得渲染的数学方程式。

有什么想法吗？

编辑解决方案

感谢@Bunk 的输入，我选择使用命令knit 将所有rmd 文件渲染为md 文件，然后在闪亮的应用程序中包含md 文件（我使用markdown 而不是html因为后者产生了一些方程问题）。最后，includeMarkdown 包裹在 withMathJax 中，以确保正确显示方程式。

最终代码如下所示：

library(shiny)
library(knitr)

rmdfiles <- c("RMarkdownFile.rmd")
sapply(rmdfiles, knit, quiet = T)

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        withMathJax(includeMarkdown("RMarkdownFile.md"))
  )
)
server <- function(input, output)  

shinyApp(ui, server)

【问题讨论】：

您的解决方案更适合我。您介意将其发布为正确答案吗？

当然，见下文。

【参考方案1】：

我认为编织它并渲染 UI 应该可以工作。

library(shiny)
library(knitr)

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        uiOutput('markdown')
  )
)
server <- function(input, output) 
    output$markdown <- renderUI(
        HTML(markdown::markdownToHTML(knit('RMarkdownFile.rmd', quiet = TRUE)))
    )


shinyApp(ui, server)

【讨论】：

好主意，在使用 knitr 创建 HTML 文件后，我只是在玩 includeHTML。

我也在考虑这个问题，您可能可以在应用程序加载时渲染并改为这样做。这样做可以让您评估特定环境中的代码块。我不知道这在这种情况下是否有用。

还有一个问题，你的方程渲染正确吗？

是的，它对我有用，我在 Firefox 上运行它。我认为您只需要确保 mathjax 脚本正在加载。

你可以乱用withMathJax()函数。

【参考方案2】：

根据@elevendollar 的要求，这就是我最终使用的：

library(shiny)
library(knitr)

rmdfiles <- c("RMarkdownFile.rmd")
sapply(rmdfiles, knit, quiet = T)

ui <- shinyUI(
    fluidPage(
        withMathJax(includeMarkdown("RMarkdownFile.md"))
  )
)
server <- function(input, output)  

shinyApp(ui, server)

【讨论】：

你使用了sapply，所以我认为它适用于超过 1 个rmdfiles 的长度。但是在includeMarkdown("RMarkdownFile.md")) 中，您使用的是硬编码文件名。为什么？您能否将其设为向量以使答案更完整以用于更一般的向量场景？谢谢