有啥方法可以使散点图中的绘图点在 R 中更加透明？

Posted 2023-02-23

【中文标题】有啥方法可以使散点图中的绘图点在 R 中更加透明？

【英文标题】：Any way to make plot points in scatterplot more transparent in R?有什么方法可以使散点图中的绘图点在 R 中更加透明？

【发布时间】：2012-10-11 07:59:51

【问题描述】：

我有一个 3 列矩阵；绘图由基于第 1 列和第 2 列值的点组成，但基于第 2 列（6 个不同组）着色。我可以成功绘制所有点，但是，分配为紫色的最后一个绘图组（第 6 组）掩盖了其他组的绘图。有没有办法让情节点更透明？

s <- read.table("/.../parse-output.txt", sep="\t") 
dim(s) 
[1] 67124     3
x <- s[,1] 
y <- s[,2]
z <- s[,3] 
cols <- cut(z, 6, labels = c("pink", "red", "yellow", "blue", "green", "purple"))
plot(x, y, main= "Fragment recruitment plot - FR-HIT", ylab = "Percent identity", xlab = "Base pair position", col = as.character(cols), pch=16) 

【参考方案1】：

否则，您在包scales 中有函数alpha，您可以在其中直接输入颜色向量（即使它们是您示例中的因子）：

library(scales)
cols <- cut(z, 6, labels = c("pink", "red", "yellow", "blue", "green", "purple"))
plot(x, y, main= "Fragment recruitment plot - FR-HIT", 
     ylab = "Percent identity", xlab = "Base pair position", 
     col = alpha(cols, 0.4), pch=16) 
# For an alpha of 0.4, i. e. an opacity of 40%.

【讨论】：

我会说“为了 50% 的可见性”。例如，最好不要使用 50%，以便用户立即知道参数 alpha 的含义。

@DiegoFMedina 这其实不错，谢谢，我会尽快修改。

请注意，库 scales 不是标准包，您可能需要预先安装它。

【参考方案2】：

创建颜色时，您可以使用rgb 并设置其alpha 参数：

plot(1:10, col = rgb(red = 1, green = 0, blue = 0, alpha = 0.5),
     pch = 16, cex = 4)
points((1:10) + 0.4, col = rgb(red = 0, green = 0, blue = 1, alpha = 0.5),
       pch = 16, cex = 4)

详情请见?rgb。

【讨论】：

看来我只能将 rgb 设置添加到单组点。我怎样才能将此应用于多个组？

例如：两种不同的颜色：points((1:10)+0.05, col=rgb(c(0, 0), c(1, 0), c(0, 1), rep(0.5, 2)), pch=16)（您可以对 6 种不同的颜色使用相同的方法）

【参考方案3】：

透明度也可以在颜色参数中编码。它只是另外两个十六进制数字，编码介于 0（完全透明）和 255（完全可见）之间的透明度。我曾经写过这个函数来为颜色向量添加透明度，也许在这里有用？

addTrans <- function(color,trans)

  # This function adds transparancy to a color.
  # Define transparancy with an integer between 0 and 255
  # 0 being fully transparant and 255 being fully visable
  # Works with either color and trans a vector of equal length,
  # or one of the two of length 1.

  if (length(color)!=length(trans)&!any(c(length(color),length(trans))==1)) stop("Vector lengths not correct")
  if (length(color)==1 & length(trans)>1) color <- rep(color,length(trans))
  if (length(trans)==1 & length(color)>1) trans <- rep(trans,length(color))

  num2hex <- function(x)
  
    hex <- unlist(strsplit("0123456789ABCDEF",split=""))
    return(paste(hex[(x-x%%16)/16+1],hex[x%%16+1],sep=""))
  
  rgb <- rbind(col2rgb(color),trans)
  res <- paste("#",apply(apply(rgb,2,num2hex),2,paste,collapse=""),sep="")
  return(res)

一些例子：

cols <- sample(c("red","green","pink"),100,TRUE)

# Fully visable:
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=cols,pch=16,cex=4)

# Somewhat transparant:
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=addTrans(cols,200),pch=16,cex=4)

# Very transparant:
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=addTrans(cols,100),pch=16,cex=4)

【讨论】：

我认为 base R 中的 ?adjustcolor（grDevices 包）非常类似，尽管它可能不像你的那样完全矢量化。

嗨，萨莎！很抱歉“劫持”了答案:-)。我有一个简单的问题：semPlot 和/或qgraph [顺便说一句，优秀的包！] 有没有办法将标签（即载荷）放置在远离曲线中心的位置？不是沿着曲线，而是在“垂直”的意义上远离。我宁愿不诉诸低级 LaTeX 路线。谢谢！

谢谢！不是现在，您只能使用 edge.label.position 参数来控制在边缘绘制标签的位置。我会努力实现的！

【参考方案4】：

如果您使用的是十六进制代码，您可以在代码末尾再添加两位数字来表示 alpha 通道：

例如半透明红色：

plot(1:100, main="Example of Plot With Transparency")
lines(1:100 + sin(1:100*2*pi/(20)), col='#FF000088', lwd=4)
mtext("use `col='#FF000088'` for the lines() function")

【参考方案5】：

如果您决定使用ggplot2，您可以使用alpha 参数设置重叠点的透明度。

例如

library(ggplot2)
ggplot(diamonds, aes(carat, price)) + geom_point(alpha = 1/40)