Stan 代码适用于 Windows 但不适用于 Linux

Posted 2023-02-22

【中文标题】Stan 代码适用于 Windows 但不适用于 Linux

【英文标题】：Stan code works on Windows but not Linux

【发布时间】：2017-07-13 03:49:43

【问题描述】：

在 Windows 上与 rstan 一起使用时，我的以下 Stan 代码运行良好。然而，当在 Linux (CentOS 6) 的集群上运行时，它会抛出一个很长的错误，其中包括大约 500 行，我猜是 Rcpp 代码，最后一个块如下：

编译代码中的错误（f，代码，语言 = 语言，详细 = 详细）： 编译错误，未创建函数/方法！在 /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp(15) 包含的文件中， 从 /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math.hpp(4)， 从 /scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp(4)， 来自文件 6ff02c925624.cpp(8)： /general/software/x86_64/tamusc/R_tamu/R_LIBS/3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/RcppEigen/include/Eigen/src/Cholesky/LLT.h(57)：错误：类“Eigen::Ref>”没有成员“选项” 选项 = MatrixType::选项， ^ 在“/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/数学/rev/mat/fun/cholesky_decompose.hpp" 在包含的文件中 另外：警告信息： 运行命令'/sw/eb/software/R/3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/lib64/R/bin/R CMD SHLIB file6ff02c925624.cpp 2> file6ff02c925624.cpp.err。 txt' 的状态为 1

有什么意见吗？

data
int<lower=0> n;          //number of points
int<lower=1> d;          //dimension
int<lower=1> G;          //number of groups
int<lower=0> M;
int<lower=1> Jg[M];
int<lower=1> Start[G];
int<lower=1> End[G];
int<lower=1,upper=G> Ig[n];
matrix[d,n] X;
cov_matrix[d] Lambda;
real<lower=d-1> nu;
cov_matrix[d] B;
vector[d] m;


parameters
vector[d] mu;            //mean
cov_matrix[d] Sigma;   //covariance



model
//prior
Sigma ~ inv_wishart(nu,Lambda);
mu ~ multi_normal(m,B);
//likelihood
for (i in 1:n)
    X[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],i] ~ 
 multi_normal(mu[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]],
    Sigma[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]]);
    
 

【问题讨论】：

什么编译器？什么版本？

编译器是 gcc6，是的，它是问题的根源。我从源代码重新安装了 rstan 和 Rcpp 并解决了。谢谢！

【参考方案1】：

问题出在 gcc6 编译器上。我从源头重新安装了 rstan 和 Rcpp 包并解决了问题！