将稀疏矩阵转储到文件中

Posted 2023-02-22

【中文标题】将稀疏矩阵转储到文件中

【英文标题】：Dump a sparse matrix into a file

【发布时间】：2011-08-30 13:26:00

【问题描述】：

我有一个scipy.sparse.csr 矩阵，想将其转储到 CSV 文件中。有没有办法保持矩阵的稀疏性并将其写入 CSV？

【问题讨论】：

你打算如何使用稀疏的 CSV 文件？读取 CSV 文件的现有程序将假定每行包含一行，并且字段用逗号分隔。也许压缩文件可以得到你想要的。

我将它用于另一项任务。 CSV 可能是错误的选择。我想要一个文本文件，对于矩阵中的每一行，我只得到非零值的值。目前，我已经使用一些代码完成了这项工作。我只是想知道它是否可以更智能地完成。

【参考方案1】：

SciPy 包括通过 scipy.io module 以 MatrixMarket 格式读取/写入稀疏矩阵的函数，包括 mmwrite：http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.io.mmwrite.html

MatrixMarket 不是 CSV，而是关闭的。它由一个包含#rows、#cols、# of nonzeros 的单行标题组成，然后是每个非零的一行。这些行中的每一行都是行索引、列索引、值。您可以编写一个将空格转换为逗号的简单脚本，然后您将拥有一个 CSV。

【参考方案2】：

现在有了 Scipy 0.19，这超级简单：

import scipy.sparse as sp
m = sp.csr_matrix([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]])

sp.save_npz("file_name.npz", m)

加载文件到内存

new_m = sp.load_npz("file_name.npz")