带有字符串键的矩阵是不是有 Boost（或其他常见库）类型？

Posted 2023-02-21

【中文标题】带有字符串键的矩阵是不是有 Boost（或其他常见库）类型？

【英文标题】：Is there a Boost (or other common lib) type for matrices with string keys?带有字符串键的矩阵是否有 Boost（或其他常见库）类型？

【发布时间】：2010-05-21 21:58:10

【问题描述】：

我有一个密集矩阵，其中索引对应于基因。虽然基因标识符通常是整数，但它们不是连续的整数。它们也可以是字符串。

我想我可以使用某种带有整数键的 boost 稀疏矩阵，它们是否连续都没关系。或者这仍然会占据很大的空间，特别是如果某些基因有九位数的标识符？

此外，我担心稀疏存储是不合适的，因为这是一个全部矩阵（如果基因存在，每个细胞中都会有一段距离）。

我不太可能需要执行任何矩阵运算（例如矩阵乘法）。我需要从矩阵（切片）中提取向量。

似乎最好的矩阵类型将由 Boost unordered_map（哈希映射）或什至只是一个 STL 映射作为键控。

我看错了吗？我真的需要自己动手吗？我以为我以前在某个地方看到过这样的课程。

谢谢！

【问题讨论】：

为什么没有解释就投反对票？

【参考方案1】：

您可以使用std::map 将基因标识符映射到唯一的、连续分配的整数（每次向图谱添加新的基因标识符时，您可以将图谱的大小作为其标识符，假设您从不删除基因从地图上）。

如果您希望能够根据其唯一整数来搜索基因的标识符，您可以使用第二张图，也可以使用boost::bimap，它提供了元素的双向映射。

至于使用哪个矩阵容器，可以考虑boost::ublas::matrix；它提供了对矩阵行和列的类向量访问。

【讨论】：

给它地图的大小作为它的标识符？你能澄清一下吗？ bimap 看起来很有趣。我以前从未见过。我希望 boost 对其类型有更清晰的摘要。

@mohawkjohn：如果您想在将基因添加到地图时为基因分配唯一的、递增的 id（例如，std::map<std::string, unsigned>，其中字符串是基因的名称和 int是你分配给它的id），你可以做m.insert(std::make_pair(str, m.size()))。当您将每个元素插入地图时，它的大小会增加一，因此生成的 id 将是唯一的。

【参考方案2】：

如果你不需要矩阵运算，你就不需要矩阵。可以使用纯 C++ 中的map<map<string> > 或使用 Boost 中相应的哈希映射来完成带有字符串键的 2D 映射。

【参考方案3】：

Boost.MultiArray 允许您使用非连续索引进行管理。

如果您想要使用具有静态大小的矩阵进行高效实现，还有Boost.LA，现在正在审核计划中。

还有 NT2 应该很快提交给 Boost。

【讨论】：

我不知道有一个 Boost MultiArray。不确定它是否对此有用，但感谢您指出。这在某些时候肯定对我有用。

希望这会有所帮助。只是一个问题：索引字符串在编译时是否知道？如果是这种情况，您可以在编译时关联一个唯一且连续的整数，并使用 MultiArray 来解决您的问题。模板 struct string_to_index;模板 struct string_to_index const int value = 1; ;模板 struct string_to_index const int value = 2; ; ...