运行单变量生存分析时出错

Posted 2023-02-19

【中文标题】运行单变量生存分析时出错

【英文标题】：Error when I run Univariate Survival Analysis

【发布时间】：2021-11-17 11:25:51

【问题描述】：

我正在尝试进行单变量分析。这是我的数据：

library(survivalAnalysis)
AgeMRE <- c(60, 67, 71, 66, 71, 73, 50, 67, 67, 61)
OutcomeMRE <- c(0, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 1)
EventMRE <- c(NA,  3, NA,  2,  3, 12,  2,  6, NA, 11)
datasetMRE <- data.frame(cbind(AgeMRE, EventMRE, OutcomeMRE))

在哪里： 年龄是患者的年龄 结果是患者是否经历了主要结果（1 - 是，0 - 否） 事件是经历结果的时间（以月为单位的数字，如果没有经历结果，则事件 == NA） 然后我运行以下代码：

dataset = data.frame(datasetMRE)
dataset %>%
  analyse_survival(vars(EventMRE, AgeMRE), by = OutcomeMRE) -> 
  resultuni

我得到这个错误：

Error in survfit.formula(Surv(EventMRE, AgeMRE) ~ 1, data = data) : 
  data set has no non-missing observations
In addition: Warning messages:
1: In analyse_survival(., vars(EventMRE, AgeMRE), by = OutcomeMRE) :
  Survival analysis with factor OutcomeMRE: Only one factor value (1), no diffs possible.
2: In Surv(EventMRE, AgeMRE) : Invalid status value, converted to NA

此外： 我想检查年龄作为一个连续变量，但也作为一个组，如：

dataset = data.frame(datasetMRE)
dataset %>%
  analyse_survival(vars(EventMRE, ifelse(Age >=70, 1,0)), by = OutcomeMRE) -> 
  resultuni

我该怎么做？

【问题讨论】：

你错过了生存分析的时间部分！

时间是EventMRE，以月为单位。

据我所知，时间不可能是NA，因为您正在执行事件分析时间，因此应该有一个从 1 到 12 或其他时间的时间组件，并且以最简单的形式显示一个事件列事件发生与否 (0/1)。

@Arduan，正如 Tarjae 所说，所有数据都需要一个时间组件。并非所有受试者都会在研究期间经历该事件，这会导致右删失观察。例如，对于生存数据，在研究期结束时仍然活着的受试者应该至少有最后一次采样/观察日期，状态为“活着”。你可以在那里找到更多信息：[sthda.com/english/wiki/survival-analysis]

感谢您的回复。如果没有观察到结果，我将 EventMRE 编码为“13”。仍然收到错误：``` survfit.formula 中的错误（Surv(EventMRE, AgeMRE) ~ OutcomeMRE, data = data) ：数据集没有非缺失观察结果另外：警告消息：在 Surv(EventMRE, AgeMRE) 中：无效的状态值，转换为 NA ```

【参考方案1】：

感谢您的帮助。我使用了不同的包并设法这样做：

library("survival")
#Encoding Outcome 0 as EventMRE2 = 13
datasetMRE$EventMRE2 = ifelse(is.na(datasetMRE$EventMRE), 13, datasetMRE$EventMRE)

res.cox <- coxph(Surv(EventMRE, Outcome) ~ AgeMRE, data = datasetMRE)
summary(res.cox)

【讨论】：

我猜survivalAnalysis 包只是一个 tidyverse 包装器包：生存函数。似乎是一个相当脆弱的包装。错误代码报告 survfit.formula（它是 survival 包中的一个函数）没有得到正确类型的参数，