用于成对表输出的紧凑型字母显示的自定义代码

Posted 2023-02-19

【中文标题】用于成对表输出的紧凑型字母显示的自定义代码

【英文标题】：custom code for compact letter display from pairwise table output

【发布时间】：2022-01-13 13:43:48

【问题描述】：

我想创建一个自定义代码，用于根据我执行的成对测试创建一个紧凑的字母显示。

我已经通过成对 t-tests 成功完成了此操作（存在此软件包），并且当我运行线性模型时我也熟悉软件包 library(multcomp) 和函数 cld() 以获得紧凑型字母显示，但它们不适用于我这里的具体情况。

我经常使用 kaplan meier 生存数据，在我运行 pairwise_survdiff() 函数以查看组之间是否存在任何统计差异（在包 library(survival) 和 library(survminer) 中找到，我很容易能够提取表格以显示所有成对比较及其对应的 p 值。我今天在这里为您提供了一个示例。（请参阅下面的df）

当他们手动进行许多比较时，找出哪些组不同/相似会变得一团糟，并且当存在多个级别时很容易出现人为错误，到目前为止，我一直这样做手。我想改变这个。

有人可以帮我编写一个自动执行此操作的代码吗？

这是一个模拟数据框df，包含 10 个处理（命名为treatment-1....treatment-10），行中填充了p 值。让我们假设任何低于 p

感谢您的帮助，再次，这是一个播放数据帧

df <- read.table("https://pastebin.com/raw/ZAKDBjVs", header = T)

【参考方案1】：

在反思这一点时，我相信我自己找到了答案，library(mulcompView) 和 library(rcompanion)

尽管如此，我认为这很重要，因为我已经多次看到/听到过这个问题。这是我解决问题的方法

library(rcompanion)
library(multcompView)
df <- read.table("https://pastebin.com/raw/ZAKDBjVs", header=T)


PT1 = fullPTable(df)
multcompLetters(PT1,
                compare="<",
                threshold=0.05,
                Letters=letters,
                reversed = FALSE)

这为我提供了所需的输出，并在组之间显示紧凑的字母。此外，可以通过更改threshold= 来编辑统计阈值，使其更加保守/不那么保守

对结果非常满意。这困扰了我一段时间。希望对其他会员有用