节点的 Networkx 和 matplotlib 颜色图；不同网络的相同地图

Posted 2023-02-19

【中文标题】节点的 Networkx 和 matplotlib 颜色图；不同网络的相同地图

【英文标题】：Networkx and matplotlib colormap for nodes ; same map for different networks

【发布时间】：2020-05-26 18:16:35

【问题描述】：

在绘制多个网络时，我正在努力显示节点颜色。基本上，我从一个看起来像这样的数据框开始：

data.head()

    x     y     C1    C2    C3    C4            
n1  0.63  0.34  1.00  1.00  1.00  1.07
n2  0.56  0.27  0.94  0.91  0.94  1.11
n3  0.59  0.26  1.07  1.02  1.05  1.21
n4  0.65  0.38  1.15  1.27  1.55  0.98
n5  0.63  0.44  0.93  0.89  0.99  1.04

每一行都是一个网络节点（边缘列表存储在另一个文件中），我使用x 和y 列作为节点布局。我的意思是绘制四次网络，节点颜色跟随四列C1/C1/C3/C4 中的每一列的值。

因此，为了轻松比较每个节点的值的演变，我尝试在绘制网络时用四列的最小值和最大值定义颜色图的范围（在下面的代码示例中硬编码） ：

cmap = plt.cm.YlOrRd
vmin, vmax = 0.0, 200.0
nodes_colors = data['C1'] # or C2,C3,C4
nx.draw_networkx_nodes(my_network, 
                       pos=my_positions_dict, 
                       node_size=200, 
                       edgecolors='black',
                       node_color=nodes_colors,                            
                       cmap=cmap, 
                       vmin=vmin, 
                       vmax=vmax)

但它不起作用！我有几个只有高值的节点，所以很容易手动检查，而且颜色是错误的。第一次尝试我做错了什么？

我尝试了另一种方法，使用ScalarMappable：

import matplotlib.pyplot as plt
cmap = plt.cm.YlOrRd
vmin = 0.0
vmax = 200.0
sm = plt.cm.ScalarMappable(cmap=cmap, norm=plt.Normalize(vmin=vmin, vmax=vmax))

但是我不知道在绘制网络时如何使用它。它可以这样工作吗？

很遗憾，我没有分享可重现的代码，因为我对输入数据进行了很多预处理（此外，这些数据暂时不公开）。

提前致谢。

【参考方案1】：

实际上是数据帧和网络之间的索引顺序和节点顺序的问题。很抱歉问了一些愚蠢的问题。