数据到树状图并返回

Posted 2023-02-19

【中文标题】数据到树状图并返回

【英文标题】：Data to dendrogram and back

【发布时间】：2012-08-23 04:35:14

【问题描述】：

我觉得这是一个非常简单的问题，但我无法弄清楚。

我有一小部分轨迹，我正在尝试使用 scipi hcluster 进行聚类。

在这方面我已经成功了

    from hcluster import linkage, dendrogram

    l = linkage(matrix)
    d = dendrogram(l)
    show()

但是我不知道如何将树状图分配的颜色映射回原始轨迹。树状图具有以下键 ['ivl', 'dcoord', 'leaves', 'color_list', 'icoord']。根据文档，“ivl”是打印在图底部的一组标签，由于字体很小，这些标签无法阅读。

我已经尝试了以下

    for index, label in enumerate(d['ivl']):
        print 'trajectory #%s has color %s' % (label, d['color_list'][index])

但是这会爆炸，因为 color_list 中的颜色比 ivl 中的标签少一种。当我查看树状图时，我可以清楚地看到 2 个绿色、2 个红色、3 个洋红色等。但是树状图告诉我其他情况

    from collections import Counter        
    Counter(d['color_list'])
    Counter('y': 68, 'b': 18, 'm': 2, 'c': 1, 'g': 1, 'r': 1)

所以最后我的问题。这个可怕的结构是什么？我如何真正获得树状图分配给每个轨迹的颜色？

【参考方案1】：

我有同样的问题，并找到了你的帖子。希望你现在已经找到了答案，因为它已经过去了几个月，但如果其他人也遇到这个问题： 您可以使用函数 fcluster 来获取集群： http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.fcluster.html#scipy.cluster.hierarchy.fcluster

fcluster(Z,0.7*max(Z[:,2]),'distance')

应该将 fcluster 参数与默认的树状图参数匹配。

希望这行得通！