无法使用 install.packages 安装 R-forge 包

Posted 2023-02-19

【中文标题】无法使用 install.packages 安装 R-forge 包

【英文标题】：Cannot install R-forge package using install.packages

【发布时间】：2012-06-21 17:42:56

【问题描述】：

This, question, is, asked, over, and, over, and, over, 在R-sig-finance 邮件列表中，但我认为在*** 上没有被问到。

是这样的：

我在哪里可以获得 R-forge 上托管的最新版本的包 XYZ？我尝试使用install.packages 安装它，但结果是这样的：

> install.packages("XYZ",repos="http://r-forge.r-project.org")
Warning message: package ‘XYZ’ is not available (for R version 2.15.0)

查看 XYZ 的 R-forge 网站，我发现该包无法构建。 因此，没有下载源的链接。有没有其他方法 获取源代码？一旦我得到源代码，我怎么能把它变成一个 我可以使用library("XYZ") 加载的包？

【问题讨论】：

干得好——我们不妨把它变成一个支持维基。 'r-forge' 标签，也许吧？

@DirkEddelbuettel 去吧。我认为我没有足够的代表来做那种事情。

我认为您只是编辑并因此创建了一个新标签。通过在越来越多的问题上使用它，它将变得合法。或者我希望如此。

哈！我刚刚达到了 1500 个代表，当我达到时，我获得了“创建标签”特权

谢谢你，@GSee。所以。更容易搜索，我知道它一定被问了无数次。

【参考方案1】：

或者，您可以从 GitHub 安装特定的包，如果它在 GitHub 上有一个 repo。

我跑了install.packages('ggfortify')，得到了

警告消息：“包‘ggfortify’不可用（对于 R 版本 3.3.2)”

ggfortify 是同一包的 GitHub 存储库。

devtools 库允许您使用install_github('username/repo') 直接从 GitHub 安装包。

library(devtools)
install_github('sinhrks/ggfortify')

【参考方案2】：

如果（且仅当）您拥有适合您的操作系统的工具链，那么这可能会成功：

# First download source file to your working directory
# As an example use browser to download pkg:partykit from: 
#  http://download.r-forge.r-project.org/src/contrib/partykit_1.1-2.tar.gz
# Move to working directory
# Or in the case of returnanalytics (which is a bundle of packages):
# http://r-forge.r-project.org/R/?group_id=579 and download the tar.gz (source)
# Then in R:

install.packages( "partykit_1.1-2.tar.gz", repo=NULL, type="source")
# for the first of the ReturnAnalytics packages:
install.packages( "Dowd_0.11.tar.gz", repo=NULL, type="source")

这些方向应该是“跨平台”。 我不确定已接受答案中的说明是否适用于 Mac (OSX)。 （我后来证实他们确实在 Mac 上“工作”，但发现这个过程比我上面建议的更复杂。他们确实产生了一个目录，其中包含的包的形式应该以R --vanilla CMD INSTALL --build pathToEachPackageSeparately 成功）

【参考方案3】：

您尝试安装的软件包的当前版本也可能需要更新版本的 R，例如，您可能会看到如下错误：

“错误：此 R 版本为 2.15.0，包 'PerformanceAnalytics' 需要 R >= 3.0.0”

然后你可以尝试更新你的 R

或者，如果你遇到和我一样的情况，正在尝试使用 pqR（目前使用 R 版本 2.15），你可以在这里找到过期的实现包：

http://cran.at.r-project.org/src/contrib/Archive/PerformanceAnalytics/

您可以从 R-Forge 软件包页面获取此处 -> “稳定版本：从 CRAN 获取 PerformanceAnalytics 1.4.3541” -> 旧来源：PerformanceAnalytics 存档

例如，您会发现包 PerformanceAnalytics 版本 1.1.0 只需要 R >= 2.14

祝你好运

【参考方案4】：

R-Forge 可能由于几个不同的原因无法构建包。可能是这样 文档尚未更新以反映代码中的最新更改。要么， 可能是某些依赖项在构建时不可用。

您可以使用 svn 查看源代码。首先，在网站上搜索项目 R-Forge 网站并转到项目主页 -- 例如http://r-forge.r-project.org/projects/returnanalytics/ 点击 SCM 链接进入类似这样的页面http://r-forge.r-project.org/scm/?group_id=579

此页面将告诉您用于签出项目的命令。在这种情况下，您会得到

可以使用以下命令通过匿名访问签出此项目的 SVN 存储库。

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/returnanalytics/

如果您使用的是 Windows，您可能需要下载并安装 TortoiseSVN

安装 TortoiseSVN 后，您可以在 Windows 资源管理器窗口中右键单击并选择 “SVN 结帐”。在“存储库的 URL：”字段中，输入除 “svn checkout”是您在 R-Forge 上找到的命令的一部分。在这种情况下，你会 输入“svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/returnanalytics/”。

点击确定后，项目将下载到当前目录。

如果您使用的是类似 UNIX 的系统（或者如果您安装了命令行客户端工具 当你为 Windows 安装 TortoiseSVN 时，这不是默认的），你可以 在您的终端（系统终端，而不是 R 终端）中输入 R-forge 给您的命令

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/returnanalytics/

这将在当前工作目录下创建一个新目录 包含包中的所有文件。在该目录的顶层 将是一个名为“pkg”的子目录。这个特定的项目（returnanalytics） 包含多个包。

ls returnanalytics/pkg
#FactorAnalytics  MPO  PApages  PerformanceAnalytics  PortfolioAnalytics

但是一些 R-forge 项目只有一个包。例如

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/random/
#Checked out revision 14.
ls random/pkg
#DESCRIPTION  inst  man  NAMESPACE  R

现在您已经在本地复制了所有代码，如果您希望能够 安装包，你必须先构建它。

注意事项：由于 R-Forge 未能构建软件包，因此很有可能 包有问题。因此，如果您只是构建它，您可能会发现 有些事情没有按预期工作。特别是，很可能有 缺少或不完整的文档。

如果您使用的是类似 UNIX 的系统，则可以相对轻松地构建和安装该软件包。对于像 returnanalytics 这样的多包项目，如果你想安装，例如这 PortfolioAnalytics 包，你可以这样做

R --vanilla CMD INSTALL --build returnanalytics/pkg/PortfolioAnalytics 

“PortfolioAnalytics”是包含包的目录的名称 你想构建/安装。对于单包项目，您可以像这样构建和安装 这个

R --vanilla CMD INSTALL --build random/pkg

如果您想在 Windows 上构建/安装软件包，请参阅 this question 并遵循 @JoshuaUlrich 提供的 two links

更多信息请访问R Installation and Administration、the R-Forge User Manual和the SVN manual。

【讨论】：

--vanilla 的使用可能不是必需的，具体取决于 .Rprofile 中的内容。见***.com/a/11639336

INSTALL --build 构建包的二进制版本，但不安装它。另外，install.packages("XYZ",repos="http://r-forge.r-project.org", type = "source")

会更容易

@hadley R CMD build 构建一个包而不安装它。 R CMD INSTALL --build 确实安装它；自己试试。至于install.packages(..., repos="http://r-forge...", type="source")，或许你应该再看一遍问题。

哇，确实如此。文档很不清楚！ （我没有看到使用R CMD build 构建二进制包的选项）为什么需要--build 来回答这个问题？我也不明白为什么install.packages + type = "source" 比 svn checkout + R CMD install 更糟糕

svn checkout + install.packages 和 repos=NULL 很好，但由于我们已经在命令行上使用 svn checkout 部分，所以我只是从那里安装它。这是关于--build 的一个非常好的问题。我认为R CMD INSTALL --build myPackage 相当于R CMD build myPackage 后跟R CMD INSTALL myPackage_1.0.tar.gz。但是，经过一些测试，我发现它们并不相同——.Rbuildignore 似乎与R CMD INSTALL --build myPackage 不相符。