如何在 R 中选择 CRAN 镜像

Posted 2023-02-15

【中文标题】如何在 R 中选择 CRAN 镜像

【英文标题】：How to select a CRAN mirror in R

【发布时间】：2012-07-14 08:21:35

【问题描述】：

我正在尝试通过 R 提示符安装软件包，方法是执行以下操作：

install.packages('Rmysql')

但是输出如下：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

没有别的了！我找不到这个非常基本的问题的解决方案。为了选择 CRAN 镜像，我应该输入什么？

编辑：

操作系统：Mac-OS X 10.6.8 R 版本：2.15.0

【问题讨论】：

它应该提供一个从 1 到 100 对应镜像的数字列表，尝试输入 84 并回车

还要添加你正在使用的操作系统，以及 R 的版本

要么会弹出一个窗口，其中包含选择项，要么应在控制台中显示选择项列表。您是否检查了带有选项的单独窗口？你是如何运行 R 的？

@pyCthon 我输入了 84，但没有返回任何内容。

@sayhey69 我只是通过从终端调用提示符来运行 R。我只需输入 r，就会出现解释器。我从来没有弹出任何单独的窗口要求选择。

【参考方案1】：

您应该获得一个带有存储库列表的窗口或带有一些选项的文本菜单。但是如果没有出现，您可以随时使用repos 参数指定从哪里下载包的镜像。通过这样做，R 将不再询问您有关存储库的信息。示例：

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

这里有一个list of mirrors 代表 R。

【讨论】：

对我来说，repos弹窗来了，我点了一个镜像，然后什么也没发生；同时，这工作得很好。程序化解决方案 > 交互式解决方案，照常！谢谢！

这里有一些镜像可供选择，请善待：cran.r-project.org/mirrors.html

我发现这是将最近的软件包安装到 MRO 中的有用解决方法。我花了一天时间尝试安装最近构建的软件包，但 checkpoint 函数没有像使用 Anaconda 的 R 发行版 v3.4.3 所描述的那样工作，快照设置为 2017-09-01。

【参考方案2】：

这是我所做的，基本上直接来自example(Startup)页面：

## Default repo
local(r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
)

在~/.Rprofile。

编辑： 因为现在是 2018 年，我们可以补充一点，在过去几年中，URL "https://cloud.r-project.org" 更可取，因为它反映了 a) https 访问和 b) “始终靠近-你”CDN。

【讨论】：

我认为这应该是公认的答案。 It Just Works(tm)，在所有情况下，包括在无头系统（服务器、物联网等）上。谢谢，德克。

几年后的事后看来，我们现在是一个正确的 CDN，可以保证每个人都在网络上接近，我们现在使用https，所以将这个https://cloud.r-project.org 作为 URL。

我希望你不要介意，Dirk，但我只是编辑了你的帖子以反映你的建议。

如果我想要的话，我可以在四个小时前自己完成。我更愿意让历史记录说话。但是因为破坏者会来，所以我写了一个附言。

【参考方案3】：

我喜欢：

chooseCRANmirror()

这将在输出中打印镜像列表（不用担心弹出窗口，因为您是从终端运行它），然后输入您想要的数字。

【讨论】：

糟糕，chooseCRANmirror(81) 会提示您输入数字。全部在控制台中。

注意：这似乎不会更新 /etc/R/Rprofile.site 或 ~/.Rprofile。 （所以，选择一个已经消失的替代旧镜像是不好的。最好直接编辑上面的文件。）

@DarrenCook 你可能是对的，但我发现很多人会被这些文件吓倒。我知道我是。

chooseCRANmirror(ind=81) 可能是 Jared 的意思。它会绕过提示。

也可以在.Rprofile中设置options(menu.graphics = FALSE)

【参考方案4】：

存储库选择屏幕无法在您的系统 (OS X) 上显示，因为 OS X 不再包含 X11。 R 尝试通过 X11 向您显示提示。从http://xquartz.macosforge.org/landing/ 安装 X11。然后运行安装命令。将显示 repo 选择提示。

【讨论】：

这应该是公认的答案。有关 OS X 中 X11 支持的 Apple 支持文章位于 support.apple.com/kb/HT5293?viewlocale=en_US&locale=en_US

这个问题很可能是因为X11导致窗口不显示，但可以说chooseCRANmirror()/repos参数是更简单的解决方案。

【参考方案5】：

我用过

chooseCRANmirror(81)

它会提示您选择国家。 然后您可以通过键入那里指定的国家/地区镜像代码来进行选择。

【参考方案6】：

我使用 Dirk 建议的 ~/.Rprofile 解决方案，但我只是想指出

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

似乎是明智的做法，而不是

chooseCRANmirror(81)

，这可能有效，但涉及到神奇的数字 81（或者这是将旅游业推广到 81 = 英国（布里斯托尔）:-) 的微妙方式）

【参考方案7】：

如果您需要以非交互方式设置镜像（例如在部署脚本中进行 rbundler 安装），您可以这样做：

第一次手动运行：

chooseCRANmirror()

选择最适合您的镜像编号并记住它。然后自动选择：

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

其中 87 是您要使用的镜像编号。这个 sn-p 还会为您安装 rbundle。如果你愿意，你可以省略它。

【参考方案8】：

在 macOS 上，我有您所说的确切内容：“请选择”提示，然后仅此而已。

在我打开（并更新；不知道这是否相关）X-Quartz，然后重新启动 R 并再次尝试后，几秒钟后我得到了一个 X-window 镜像列表可供选择。第三次以后更快了。

【参考方案9】：

你也可以通过运行它或将它放在你的 Rprofile 中来禁用所有的图形菜单

options(menu.graphics = FALSE)

【参考方案10】：

应该会弹出一个下拉菜单供您选择（或者您会得到一堆可供选择的数字），无论您是在终端中使用 R 还是在 RStudio 等 IDE 中使用。这在 Windows、Mac OS 和大多数 Linux 系统上受支持。但是，它可能需要额外的配置或依赖项，例如 X-windows。

要在使用远程访问时启用 X-windows，请使用以下 -XY 标志：

ssh -XY [e-mail]

通常有一个默认 repo，但如果您有任何问题，例如运行脚本或 Rmarkdown/knitr，可以指定它。每次安装时，您都可以使用 repo opset 镜像或 CRAN 存储库：

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

建议使用离您最近的镜像以加快下载速度。例如：

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

您还可以在会话中设置repos 选项，这样每次交互式会话（或脚本）只需设置一次。可以查看repos是否配置了：

options(repos)

如果您得到"Error in options(repos) : object 'repos' not found"，那么您可以设置存储库选项。例如：

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

然后它应该像往常一样安装软件包。例如：

install.packages("RMySQL")

正如其他人所提到的，您可以在 .Rprofile 文件中配置存储库，并在您的所有脚本中进行这项工作。您是喜欢系统上的这些“全局”选项还是会话或脚本中的“本地”选项取决于您。这些“本地”选项需要更多时间来使用每个会话，但如果其他人没有您的 .Rprofile，他们也可以使用您的脚本。

【参考方案11】：

加入~/.Rprofile

local(r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
)