如何保存在闪亮的应用程序中制作的图

Posted 2023-02-18

【中文标题】如何保存在闪亮的应用程序中制作的图

【英文标题】：How to save plots that are made in a shiny app

【发布时间】：2013-01-26 10:51:34

【问题描述】：

我正在尝试弄清楚如何使用 downloadButton 来保存带有闪亮的绘图。包中的示例演示了 downloadButton/downloadHandler 以保存 .csv。我将在此基础上制作一个可重现的示例。

对于ui.R

shinyUI(pageWithSidebar(
  headerPanel('Downloading Data'),
  sidebarPanel(
selectInput("dataset", "Choose a dataset:", 
            choices = c("rock", "pressure", "cars")),
    downloadButton('downloadData', 'Download Data'),
    downloadButton('downloadPlot', 'Download Plot')
  ),
  mainPanel(
    plotOutput('plot')
  )
))

对于server.R

library(ggplot2)
shinyServer(function(input, output) 
  datasetInput <- reactive(
    switch(input$dataset,
           "rock" = rock,
           "pressure" = pressure,
           "cars" = cars)
  )
  
  plotInput <- reactive(
    df <- datasetInput()
    p <-ggplot(df, aes_string(x=names(df)[1], y=names(df)[2])) +
      geom_point()
  )
  
  output$plot <- renderPlot(
    print(plotInput())
  )
  
  output$downloadData <- downloadHandler(
    filename = function()  paste(input$dataset, '.csv', sep='') ,
    content = function(file) 
      write.csv(datatasetInput(), file)
    
  )
  output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function()  paste(input$dataset, '.png', sep='') ,
    content = function(file) 
      ggsave(file,plotInput())
    
  )
)

如果您正在回答这个问题，您可能对此很熟悉，但要使其正常工作，请将上述内容保存到单独的脚本（ui.R 和 server.R 到工作目录中的文件夹 (foo) 中. 要运行闪亮的应用程序，请运行runApp("foo")。

使用ggsave，我收到一条错误消息，指出ggsave 不能使用filename 函数（我认为）。如果我使用标准图形设备（如下所示），Download Plot 可以正常工作，但不会写入图形。

任何让 downloadHandler 工作以编写情节的提示将不胜感激。

【参考方案1】：

不确定这个问题是否仍然有效，但它是在搜索“在闪亮的应用程序中保存绘图”时出现的第一个问题，所以我想快速添加如何让 ggsave 与原始问题的 downloadHandler 一起使用.

juba 建议的使用直接输出而不是 ggsave 的替代策略和 alexwhan 自己建议的替代策略都非常有效，这仅适用于那些绝对想在 downloadHandler 中使用 ggsave 的人。

alexwhan 报告的问题是由 ggsave 尝试将文件扩展名匹配到正确的图形设备引起的。但是，临时文件没有扩展名，因此匹配失败。这可以通过在 ggsave 函数调用中专门设置设备来解决，就像在原始代码示例中一样（对于 png）：

output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function()  paste(input$dataset, '.png', sep='') ,
    content = function(file) 
        device <- function(..., width, height) grDevices::png(..., width = width, height = height, res = 300, units = "in")
        ggsave(file, plot = plotInput(), device = device)
    
)

此调用基本上将png 用于ggsave 内部分配的device 函数（您可以查看ggsave 函数代码以查看jpg、pdf 等的语法）。也许，理想情况下，可以将文件扩展名（如果与文件名不同 - 就像这里临时文件的情况一样）指定为 ggsave 参数，但此选项目前在 ggsave 中不可用。

---

一个最小的独立工作示例：

library(shiny)
library(ggplot2)
runApp(list(
  ui = fluidPage(downloadButton('foo')),
  server = function(input, output) 
    plotInput = function() 
      qplot(speed, dist, data = cars)
    
    output$foo = downloadHandler(
      filename = 'test.png',
      content = function(file) 
        device <- function(..., width, height) 
          grDevices::png(..., width = width, height = height,
                         res = 300, units = "in")
        
        ggsave(file, plot = plotInput(), device = device)
      )
  
))

sessionInfo()
# R version 3.1.1 (2014-07-10)
# Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
# 
# locale:
#  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
#  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
#  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
#  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
#  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
# [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
# 
# attached base packages:
# [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
# 
# other attached packages:
# [1] ggplot2_1.0.0 shiny_0.10.1 
# 
# loaded via a namespace (and not attached):
#  [1] bitops_1.0-6     caTools_1.17     colorspace_1.2-4 digest_0.6.4    
#  [5] formatR_1.0      grid_3.1.1       gtable_0.1.2     htmltools_0.2.6 
#  [9] httpuv_1.3.0     labeling_0.2     MASS_7.3-34      munsell_0.4.2   
# [13] plyr_1.8.1       proto_0.3-10     Rcpp_0.11.2      reshape2_1.4    
# [17] RJSONIO_1.3-0    scales_0.2.4     stringr_0.6.2    tools_3.1.1     
# [21] xtable_1.7-3    

更新

从 ggplot2 版本 2.0.0 开始，ggsave 函数支持 device 参数的字符输入，这意味着现在可以通过直接调用 ggsave 来保存由 downloadHandler 创建的临时文件，方法是指定要使用的扩展名应该是例如"pdf"（而不是传入设备函数）。这将上面的示例简化为以下示例

output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function()  paste(input$dataset, '.png', sep='') ,
    content = function(file) 
        ggsave(file, plot = plotInput(), device = "png")
    
)

【讨论】：

我相信您的答案实际上是正确的。您也可以只使用ggsave(file, plotInput(), device = png) 而不是创建设备（包装器）函数。

@sebkopf 在接下来的一年里我错过了你的答案！

@Yihui 这个解决方案对我不起作用：R 版本 3.1.0，ggplot2_1.0.0 shiny_0.10.1。弹出保存框，点击保存，但没有保存文件。谁能确认一下？

@zx8754 我刚刚在答案中添加了一个完整的示例。请注意，您应该在 Web 浏览器中运行它，而不是在 RStudio 中查看它，因为 RStudio 查看器存在无法下载文件的已知错误。

@sebkopf 是的，我尝试了一个真实的例子后才意识到，所以我在这里的第一条评论实际上是错误的。感谢您的澄清！

【参考方案2】：

我没有设法让它与ggsave 一起工作，但通过标准调用png() 似乎没问题。

我只更改了server.R 文件中的output$downloadPlot 部分：

 output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function()  paste(input$dataset, '.png', sep='') ,
    content = function(file) 
      png(file)
      print(plotInput())
      dev.off()
    )

请注意，我在使用 0.3 版本的 Shiny 时遇到了一些问题，但它适用于 Github 的最新版本：

library(devtools)
install_github("shiny","rstudio")

【讨论】：

好的，我接受 ggsave 在这个阶段无法使用 downloadHandler。闪亮的 0.3 与 downloadHandler 分崩离析，你是对的。我将发布一个替代解决方案，我想出避免使用 downloadHandler 的方法，这将允许 ggsave 工作。

@juba 知道为什么 this attempt to output to pdf 使用类似的（非 ggplot2）方法不起作用？我只是得到一个打不开的损坏的pdf。 plotInput 可以不提供绘图而不是绘图对象吗？

【参考方案3】：

这是一个允许使用 ggsave 保存闪亮图的解决方案。它使用逻辑复选框和文本输入来调用ggsave()。将此添加到sidebarPanel 内的ui.R 文件中：

textInput('filename', "Filename"),
checkboxInput('savePlot', "Check to save")

然后将其添加到server.R 文件而不是当前的output$plot reactivePlot 函数：

output$plot <- reactivePlot(function() 
    name <- paste0(input$filename, ".png")
    if(input$savePlot) 
      ggsave(name, plotInput(), type="cairo-png")
    
    else print(plotInput())
  )

然后用户可以在文本框中输入所需的文件名（不带扩展名）并勾选复选框以保存在应用程序目录中。取消选中该框将再次打印该图。我确信有更简洁的方法可以做到这一点，但至少我现在可以在 Windows 中使用 ggsave 和 cairo 以获得更好的 png 图形。

请添加您可能有的任何建议。

【讨论】：

如果input$filename 周围没有isolate 块，如果选中该框，对filename 文本框的任何更改也会提示文件保存。

【参考方案4】：

这是旧的，但当有人用谷歌搜索“R shiny save ggplot”时仍然是最热门的，所以我将提供另一个解决方法。非常简单...在显示图形的同一函数中调用 ggsave，这会将图形保存为服务器上的文件。

output$plot <- renderPlot(
    ggsave("plot.pdf", plotInput())
    plotInput()
)

然后，使用 downloadHandler 并使用file.copy() 将数据从现有文件写入“文件”参数。

output$dndPlot <- downloadHandler(
    filename = function() 
        "plot.pdf"
    ,
    content = function(file) 
        file.copy("plot.pdf", file, overwrite=TRUE)
    
)

为我工作。

【讨论】：

这对我来说是最好的解决方案 - 谢谢！