使用 R 和 plot.ly - 如何编写脚本将输出保存为网页

Posted 2023-02-18

【中文标题】使用 R 和 plot.ly - 如何编写脚本将输出保存为网页

【英文标题】：Using R and plot.ly - how do I script saving my output as a webpage

【发布时间】：2016-04-07 09:54:52

【问题描述】：

我想使用 R 和 plot.ly 制作一些交互式图表。当我在 R-Studio 中运行以下代码时，它会生成一个交互式图表。

library(plotly)
set.seed(100)
d <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
plot_ly(d, x = carat, y = price, text = paste("Clarity: ", clarity),
    mode = "markers", color = carat, size = carat)

生成此图后，当我单击 R-Studio 绘图窗口中的“导出”按钮时，我可以选择将绘图保存为网页。如何编写将生成的绘图保存为网页的过程？我的最终目标是从 bash 脚本中迭代地运行 Rscripts 以生成多个网页。

【参考方案1】：

将plot_ly 对象分配给一个变量，然后使用htmlwidgets::saveWidget() 保存实际文件，如下所示：

library(plotly)
set.seed(100)
d <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
p <- plot_ly(d, x = carat, y = price, text = paste("Clarity: ", clarity),
             mode = "markers", color = carat, size = carat)
htmlwidgets::saveWidget(as_widget(p), "index.html")

【讨论】：

这看起来非常令人鼓舞。除了 plotly 和 htmlwidgets，您还使用哪些软件包？我收到一条错误消息，说 R 找不到函数“as.widget”。我正在运行 R 并加载了以下包：plotly、htmlwidgets、htmltools、knitr。我应该加载另一个包吗？以下是完整的错误消息：resolveSizing(x, x$sizingPolicy, Standalone = Standalone, knitrOptions = knitrOptions) 中的错误：找不到函数“as.widget”

as.widget 是 part of plotly，但它是在 12 月底才添加的，因此您可能运行的是旧版本的库。

嗯，刚刚更新（现在正在运行 2.0.16 版），我仍然遇到同样的错误......

CRAN 的 plotly 版本是 2.0.16，是在 12 月 20 日构建的。as.widget 是在 12 月 23 日添加的，所以它还没有在 CRAN 上。使用 devtools 从 GitHub 安装开发版本：devtools::install_github("ropensci/plotly")，它应该可以工作。

函数默认保存到工作目录。不过，您可以选择任何您想要的路径：htmlwidgets::saveWidget(as.widget(p), "/path/to/wherever/blah.html")

【参考方案2】：

为 R-3.5.1 和 plotly-4.8.0 更新 Andrew 的 answer，即：

library(plotly)
set.seed(100)
d <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
p <- plot_ly(d, x = ~carat, y = ~price, text=~paste("Clarity : ", clarity))
htmlwidgets::saveWidget(as_widget(p), "index.html")

为了将它发送到work，您还需要安装 pandoc。在 CentOS/RedHat 上做yum install pandoc pandoc-citeproc。在 Mac OSX 上，使用 homebrew，执行 brew install pandoc。

此解决方案已经过测试，适用于 OSX 10.13.6，适用于 R-3.5.1。