Networkx 和 Matplotlib：如何访问节点属性并将它们显示为注释

Posted 2023-05-08

【中文标题】Networkx 和 Matplotlib：如何访问节点属性并将它们显示为注释

【英文标题】：Networkx and Matplotlib: how to access node attributes and show them as annotation

【发布时间】：2022-01-17 06:29:13

【问题描述】：

我试图让悬停在这个 networkx matplotlib 图表上工作，但我遇到了一个关键错误问题。我想创建一个键名作为字符串的节点并将其作为标签。但是，它看起来像在xy=pos[node] 部分被称为中断的悬停功能。以下是其中一些内容的一些输出：

此输出中的 obj 是我打印节点键。 ind 是我悬停在节点上。 节点是我试图找出节点键与悬停所寻找的内容之间的联系。

pos: 'A': array([-0.88308537, -0.21952651]), 'B': array([ 0.70105714, -0.78047349]), 'C': array([0.18202824, 1.        ])

obj: A
obj: B
obj: C
ind: 'ind': array([], dtype=int32)
ind: 'ind': array([2], dtype=int32)
node: 2
ind: 'ind': array([2], dtype=int32)
node: 2
ind: 'ind': array([2], dtype=int32)

代码如下：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from networkx.readwrite import edgelist
import numpy as np

G = nx.DiGraph()

G.add_node("A", attr1=20)
G.add_node("B", attr1=25)
G.add_node("C", attr1=30)

fig, ax = plt.subplots()
pos = nx.spring_layout(G)
print('pos:', pos)

nodes = nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_size=500)

for obj in G.nodes:
    print('obj:', obj)

nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=G.edges(), edge_color='black')

annot = ax.annotate("", xy=(0,0), xytext=(20,20),textcoords="offset points",
                    bbox=dict(boxstyle="round", fc="w"),
                    arrowprops=dict(arrowstyle="->"))

annot.set_visible(False)

def update_annot(ind):
    node = ind["ind"][0]
    print('node:',node)
    xy = pos[node]
    print('here:', xy)
    annot.xy = xy
    node_attr = 'node': node
    node_attr.update(G.nodes[node])
    text = '\n'.join(f'k: v' for k, v in node_attr.items())
    annot.set_text(text)

def hover(event):
    vis = annot.get_visible()
    if event.inaxes == ax:
        cont, ind = nodes.contains(event)
        print('ind:',ind)
        if cont:
            update_annot(ind)
            annot.set_visible(True)
            fig.canvas.draw_idle()
        else:
            if vis:
                annot.set_visible(False)
                fig.canvas.draw_idle()

fig.canvas.mpl_connect("motion_notify_event", hover)
plt.show()

错误：

xy = pos[node]
KeyError: 2

看起来它正在尝试查找带有数字而不是字母的键。这就是为什么我得到一个关键错误。但我不确定为什么我不能让它接受一个字符串。

【参考方案1】：

node_index = ind["ind"][0] 是节点列表中的整数索引。 Networkx 使用节点名称将其节点存储在字典中。 G.nodes[2] 给出错误，因为 G.nodes 是一个按节点名称索引的字典。

您可以将G.nodes 转换为列表，并在node_index：node_name = list(G.nodes)[node_index] 处找到名称。使用该名称，您可以找到属性：node_attr = G.nodes[node_name]。

要使用悬停注释，我建议使用 mplcursors 库，它隐藏了许多内部簿记。

这是更新后的示例：

import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
import mplcursors

G = nx.DiGraph()
G.add_node("A", attr1=20)
G.add_node("B", attr1=25)
G.add_node("C", attr1=30)

fig, ax = plt.subplots()
pos = nx.spring_layout(G)
nodes = nx.draw_networkx_nodes(G, pos, node_size=500, node_color='dodgerblue')

nx.draw_networkx_labels(G, pos, font_color='yellow')
nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=G.edges(), edge_color='black')

def update_annot(sel):
    node_index = sel.target.index
    node_name = list(G.nodes)[node_index]
    node_attr = G.nodes[node_name]
    text = node_name + ' ' + '\n'.join(f'k: v' for k, v in node_attr.items())
    sel.annotation.set_text(text)

cursor = mplcursors.cursor(nodes, hover=True)
cursor.connect('add', update_annot)

plt.show()

【讨论】：

好的，谢谢！