在 rgl R 包的 plot3d 函数生成的 3D 图上使众多组易于区分

Posted 2023-05-07

【中文标题】在 rgl R 包的 plot3d 函数生成的 3D 图上使众多组易于区分

【英文标题】：Make numerous groups easily distinguishable on 3D plot produced by plot3d function of rgl R package

【发布时间】：2016-05-10 23:31:28

【问题描述】：

我有 23 个不同的组，每个组由 7 到 20 个单独的样本（总共大约 350-400 个观察值）组成，它们有自己的 x、y 和 z 坐标。我想通过rglR包的plot3d函数根据我拥有的数据生成3D图。一般来说，这没什么大不了的。问题是，我想让上述 23 组中的每一组在 3D 图上易于区分。我尝试为每个组使用不同的颜色，但不幸的是，无法找到人眼可识别的 23 种颜色。我在考虑pch 参数，就像在R 库的plot 基础函数中一样。但是，正如我所见，plot3d 函数中没有这样的选项。此外，我必须解释一下，我的数据集中的点太多，并且为每个点添加标签（例如使用text3d rgl 函数）不是一个好主意（它们会相互重叠并给出一些结果3D情节有点混乱）。有没有办法弄清楚（我想这是很常见的问题）？提前谢谢！ 下面是一些玩具示例的代码以便更好地解释：

# generate data

prefix=rep("ID",69)
suffix=rep(1:23,3)
suffix_2=as.character(suffix[order(suffix)])
titles_1=paste(prefix,suffix,sep="_")
titles_2=titles_1[order(titles_1)]
x=1:69
y=x+20
z=x+50
df=data.frame(titles_2,x,y,z)

# load rgl library

library('rgl')

# make 3D plot

plot3d(x,y,z)

【参考方案1】：

如果您喜欢生活在最前沿，有一个新功能 rgl::pch3d() 使用与 points() 相同的代码绘制符号 在基础图形中。它位于 rgl 0.95.1475 中，可在 R-forge 上获得（几小时内可在 Github 上获得；参见 How do I install the latest version of rgl?）。它还不能完全与 rglwidget() 一起使用。

示例代码

open3d()
i <- 0:25; x <- i %% 5; y <- rep(0, 26); z <- i %/% 5
pch3d(x, y, z, pch = i, bg = "green")
text3d(x, y, z + 0.3, i)
pch3d(x + 5, y, z, pch = LETTERS[i+1])
text3d(x + 5, y, z + 0.3, i+65)

产生这个显示（经过一些调整大小和旋转）：

【参考方案2】：

虽然不完美，但是用字母 a-w 来区分组怎么样？

  with(df,plot3d(x,y,z))
  with(df,text3d(x,y,z,texts=letters[titles_2]))

【讨论】：

感谢您的提示！现在好多了。

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【参考方案3】：

因为我打算将 3D 绘图用于发布目的，所以我现在使用此解决方案。它不是假装是最好的。

# generate data

prefix=rep("ID",69)
suffix=rep(1:23,3)
suffix_2=as.character(suffix[order(suffix)])
titles_1=paste(prefix,suffix,sep="_")
titles_2=titles_1[order(titles_1)]
x=1:69
y=x+20
z=x+50
df=data.frame(titles_2,x,y,z)

# load rgl library

library('rgl')

# load randomcoloR library

library(randomcoloR)

# create a custom palette

palette <- distinctColorPalette(23)

palette(palette)

# make 3D plot

plot3d(x,y,z,size = 10,col=suffix[order(suffix)])